Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003257`

染色体: Chr01 坐标: 51270170-51273124 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003257`
名称	SmilChr01G003257
描述	protein indeterminate-domain 7-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	51270170 - 51273124 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991383`
GeneID	`130991383`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991383`
原始查询	`SmilChr01G003257`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein indeterminate-domain 7-like
产物	protein indeterminate-domain 7-like
Arabidopsis	`AT1G55110` (IDD7) indeterminate(ID)-domain 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841954] identity=54.5; qcov=0.682; evalue=2.22e-115; confidence=high
Rice	`Os01g0195000` (OsIDD2) - identity=55.4; qcov=0.688; evalue=1.68e-118; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF00096 (zf-C2H2); PF22992 (C2CH-4th_BIRD-IDD); PF22995 (C2CH-3rd_BIRD-IDD); PF22996 (C2H2-2nd_BIRD-IDD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991383

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771550.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771550.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771550.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771550.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057771550.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:51270845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr1:51271321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C42
`Chr1:51271890`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:51271953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B44,B50,B53,B62
`Chr1:51272308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr1:51272485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr1:51272536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B41,D11
`Chr1:51272679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr1:51272684`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,B41,B68,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771550.1

522 aa

261

522

zf-C2H2

C2H2-2nd_BIRD-IDD

C2CH-3rd_BIRD-IDD

C2CH-4th_BIRD-IDD

PF00096 zf-C2H2 76-98 aa PF22996 C2H2-2nd_BIRD-IDD 113-147 aa PF22995 C2CH-3rd_BIRD-IDD 151-175 aa PF22992 C2CH-4th_BIRD-IDD 178-213 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771550.1`	Pfam	`PF00096`	zf-C2H2	Domain	76	98	1.7e-06	28.8	Zinc finger, C2H2 type
`XP_057771550.1`	Pfam	`PF22996`	C2H2-2nd_BIRD-IDD	Family	113	147	4.7e-22	78.5	BIRD-IDD transcription factor, second C2H2 zinc finger
`XP_057771550.1`	Pfam	`PF22995`	C2CH-3rd_BIRD-IDD	Domain	151	175	9.3e-15	54.7	BIRD-IDD transcription factor, third C2HC zinc finger
`XP_057771550.1`	Pfam	`PF22992`	C2CH-4th_BIRD-IDD	Domain	178	213	1.2e-24	86.6	BIRD-IDD transcription factor, fourth C2HC zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915567.1
AGGTGATGGTGTTTTTCTATCCTTTCTTTCTCATCCACACCACACCATCTCTGCGTTTCTCTCTCTTCAAAGACTCAAAGAGAGATGAGGAGAGAGAAAGGAGCTACCTTGTTCTTACATGCATGCCTATAATTGGATTTTCTTGATTTTAGCAAGAAATATAAAAAAACCATTGCAAAACCTGCAAAGAGGTAGCAGTGTGTGTGCAGACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCAACCAAAAAGTTGTCTCGTGGGGTGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991383
ATGATGAAACAAATCTCAGCCATCCAAGAAGAGAACATCTCCAACCTCACCTCCGCCTCCAACGACGCCAGCGCCGCCTCCTCCACCGGCGGAGAAATGTACCCGCCGCCGTATTTCCAAACCCCACCTCCGCCCGCCAAGAAAAAGAGGAGCCAACCAGGCCATCCAGACCCTGGTTCAGAAGTAATCTCTCTCTCTCCAAGAACTCTCATGGCGACGAACAGATTTGTGTGTGAAATCTGCAACAAAGGGTTTCAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771550.1
MMKQISAIQEENISNLTSASNDASAASSTGGEMYPPPYFQTPPPPAKKKRSQPGHPDPGSEVISLSPRTLMATNRFVCEICNKGFQRDQNLQLHRRGHNLPWKLKQRSSKDVRKKVYVCPETTCVHHDPSRALGDLTGIKKHFCRKHGEKKWKCEKCSKKYAVQSDWKAHSKTCGTREYRCDCGTLFSRRDSFITHRAFCDALAEESAKSITPTPTIPLLQNAATSSSLSFSHHINLQQIQSQFGNAAAQNQELPFPIKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器