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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003280

染色体: Chr01 坐标: 51492295-51495595 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003280
名称SmilChr01G003280
描述uncharacterized SmilChr01G003280
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51492295 - 51495595 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991561
GeneID130991561
locus_tag-
NCBI NameLOC130991561
原始查询SmilChr01G003280

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述WAS/WASL-interacting family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841959]; symbol=AT1G55160; hit=AT1G55160; species=arabidopsis; confidence=medium
产物WAS/WASL-interacting family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841959]; symbol=AT1G55160; hit=AT1G55160; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G55160 (AT1G55160)
WAS/WASL-interacting family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841959]
identity=40.3; qcov=1.14; evalue=6.33e-32; confidence=medium
RiceOs05g0593200
-
identity=42.1; qcov=0.672; evalue=5.41e-21; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991561

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057771834.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057771834.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.40000 XP_057771834.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771834.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771834.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51495128 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 39 A11,A13,A14,A2,A7,B104,B105,B107,B108,B109,B11,B111,B118,B122,B129,B134,B139,B18,B37,B44,B50,B53,B62,B64,B66,B76,C16,C20,C23,C24,C39,C42,C54,C57,C60,C62,C63,C82,C85
Chr1:51495261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915851.1
GTGAAGGTTTAGTTACCATACGACGTCGTGCTTGGCCCTCCTGTGGAAAGCCACCCAAAACCCAGAACACCGAAAGGAATAATAAGGCAGCGACTTCACCTGAAAACTAAAAAGTAAAGGGGAAACTTGGAGAAGAAGAAGAAGATCAACAATGAGCGACGAAGGCCCCAAGCTCTTTACCCACAAACCTAAAAAATCGAAGTTGAAGCCATCTGGAATGGCGTCCTCGTCGTCAGCGGGAGCCGCAGCTCCTCCTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991561
ATGAGCGACGAAGGCCCCAAGCTCTTTACCCACAAACCTAAAAAATCGAAGTTGAAGCCATCTGGAATGGCGTCCTCGTCGTCAGCGGGAGCCGCAGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCGGTTAAGGAGCCGTTCCTCCAGCGCTTTAAGTTCTATAAGACGCTTGTGTTGGTTCTCAGTTTAACCGTTGGAGCCTATGCTTTCACGAGGACTGTGTTGAAAGTGGGACCATCACAACAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771834.1
MSDEGPKLFTHKPKKSKLKPSGMASSSSAGAAAPPPPPPPPPPLPPVKEPFLQRFKFYKTLVLVLSLTVGAYAFTRTVLKVGPSQQEKPEDPTISTSSSSTTPATATASTSAITEQPVTQPTVEPIQRTPIPGEQQRELYKWMLEEKRKAKPRDAEEKRRIDEEKAILKQFIRAKTLPTI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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