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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003284

染色体: Chr01 坐标: 51528557-51531175 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003284
名称SmilChr01G003284
描述uncharacterized SmilChr01G003284
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51528557 - 51531175 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991626
GeneID130991626
locus_tag-
NCBI NameLOC130991626
原始查询SmilChr01G003284

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0108100; species=rice; confidence=high
产物hit=Os05g0108100; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G28310 (AT2G28310)
trimethylguanosine synthase (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817377]
identity=54; qcov=1.03; evalue=1.05e-115; confidence=high
RiceOs05g0108100
-
identity=59; qcov=1.01; evalue=1.69e-121; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF05212 (DUF707)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991626

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057771923.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771923.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771923.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771923.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771923.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51529458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B56,B76,B96,D7
Chr1:51530607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:51530762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:51530792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:51531110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B130,B22,B67,B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771923.1
292 aa
N
1
146
292
DUF707
C
PF05212 DUF707 14-286 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771923.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 14 286 2.5e-120 402.0 Protein of unknown function (DUF707)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915940.1
TTCACACACTCAACGTGTCAAGAAACATACTTTTTTTGAAATGCAAATATATATATCCTCGAATCCATGCAAAGGAGCAGATTTAGCCCAAAGGCTAGCTAAGGGGACCTCAGATCTTTCCCTTCTTGGAAATGAAACAGCAAGAAAACCAAAGTATCTGCTGGCATTAGCAGTTGGGATTCAACAAAAAGATGTTGTGAACAAAGCAGTCTCCAAGTTCTCTGATGACTTTGCAATAATGTTATTTCACTATGATGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991626
ATGCAAATATATATATCCTCGAATCCATGCAAAGGAGCAGATTTAGCCCAAAGGCTAGCTAAGGGGACCTCAGATCTTTCCCTTCTTGGAAATGAAACAGCAAGAAAACCAAAGTATCTGCTGGCATTAGCAGTTGGGATTCAACAAAAAGATGTTGTGAACAAAGCAGTCTCCAAGTTCTCTGATGACTTTGCAATAATGTTATTTCACTATGATGGAAAAACAAGTGAGTGGGATCAGTTTGAATGGTCACAAAGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771923.1
MQIYISSNPCKGADLAQRLAKGTSDLSLLGNETARKPKYLLALAVGIQQKDVVNKAVSKFSDDFAIMLFHYDGKTSEWDQFEWSQRAIHISGLKQTKWWFAKRFLHPDVVAEFEYIFIWDEDLGVDHFNSEEYIKIVKKHELEISQPAITSRRVPIYKITMKRNHVEVHKNAHENCTNPLLPPCAGFVEIMAPVFSRKSWSCVWEMIQNDLVHGWGLDFAFWKCVEIPHQHIGVVDAQWIQHLVLPTLGTQGESKSKNKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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