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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003288

染色体: Chr01 坐标: 51558949-51564160 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003288
名称SmilChr01G003288
描述inactive protein kinase SELMODRAFT_444075
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51558949 - 51564160 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991653
GeneID130991653
locus_tag-
NCBI NameLOC130991653
原始查询SmilChr01G003288

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inactive protein kinase SELMODRAFT_444075
产物inactive protein kinase SELMODRAFT_444075
ArabidopsisAT3G13690 (AT3G13690)
kinase with adenine nucleotide alpha hydrolases-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820578]
identity=72; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0602800 (OsRLCK42)
-
identity=68.2; qcov=0.946; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991653

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771970.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057771970.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771970.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771970.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51559135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B68,C26
Chr1:51559205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B109,C8,D4
Chr1:51559222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B137
Chr1:51559228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr1:51559239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:51559387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:51559391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:51559453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr1:51559821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:51560424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:51560617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:51560661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,C17,C52,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771970.1
716 aa
N
1
358
716
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 402-665 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 402-667 aa
XP_057771978.1
716 aa
N
1
358
716
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 402-665 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 402-667 aa
XP_057771985.1
716 aa
N
1
358
716
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 402-665 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 402-667 aa
XP_057771994.1
716 aa
N
1
358
716
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 402-665 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 402-667 aa
XP_057772002.1
716 aa
N
1
358
716
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 402-665 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 402-667 aa
XP_057772011.1
716 aa
N
1
358
716
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 402-665 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 402-667 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771970.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 402 665 2.2e-39 136.1 Protein kinase domain
XP_057771970.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 402 667 2.5e-41 142.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057771978.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 402 665 2.2e-39 136.1 Protein kinase domain
XP_057771978.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 402 667 2.5e-41 142.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057771985.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 402 665 2.2e-39 136.1 Protein kinase domain
XP_057771985.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 402 667 2.5e-41 142.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057771994.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 402 665 2.2e-39 136.1 Protein kinase domain
XP_057771994.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 402 667 2.5e-41 142.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772002.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 402 665 2.2e-39 136.1 Protein kinase domain
XP_057772002.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 402 667 2.5e-41 142.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772011.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 402 665 2.2e-39 136.1 Protein kinase domain
XP_057772011.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 402 667 2.5e-41 142.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916019.1
GCAAAAACCAGGGCAATCTCGACAGCCCAAAAACCTCGACGGCGACATTGTCTGAAGCAGTAAAAATCACCGAAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGTTGAGAGATAATTAGAGTACCCCCTATTTACATCTGCACAGATTTTGAAGGGATAATGGTAGATTGAGAAGTCCTATCTAGCACAGGAACTCAACTCTCAAGTCACTTCAGCAATTTTTTCTTGACGAGTCATGGGAATTCTGGATGGACATGGCTATTATTTTATG...
XM_057915987.1
ATCTCGACAGCCCAAAAACCTCGACGGCGACATTGTCTGAAGCAGTAAAAATCACCGAAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGTTGAGAGATAATTAGAGTACCCCCTATTTACATCTGCACAGATTTTGTGAGCATCGTCTCTTTTGCATTGTATTTTTCTGTATAAACATTTACCTGTCGCTGTTACAAATGAAGGGATAATGGTAGATTGAGAAGTCCTATCTAGCACAGGAACTCAACTCTCAAGTCACTTCAGCAATTTT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130991653
ATGAGTAGAGAGTTGAAGAAAGGGGAAAAGGTTGAAAAGGGTTCTGCCATGGCTGAGAAGGTTGTGGTGGCTGTTAAGGCAGCTAAAGAGATTCCTAAGACTGCTCTGGTTTGGGCTCTGACTCATGTTGTTCAGCCTGGGGATTGCATTACTCTTCTTGTAGTCATATCTTCACATAGTTCTGGTAGGAAATTATGGGGCTTCCCGAGATTCGCTGGAGATTGTGCTAGTGGTCACAGGAGATCAAACTCTGGTACAAA...
LOC130991653
ATGAGTAGAGAGTTGAAGAAAGGGGAAAAGGTTGAAAAGGGTTCTGCCATGGCTGAGAAGGTTGTGGTGGCTGTTAAGGCAGCTAAAGAGATTCCTAAGACTGCTCTGGTTTGGGCTCTGACTCATGTTGTTCAGCCTGGGGATTGCATTACTCTTCTTGTAGTCATATCTTCACATAGTTCTGGTAGGAAATTATGGGGCTTCCCGAGATTCGCTGGAGATTGTGCTAGTGGTCACAGGAGATCAAACTCTGGTACAAA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057771970.1
MSRELKKGEKVEKGSAMAEKVVVAVKAAKEIPKTALVWALTHVVQPGDCITLLVVISSHSSGRKLWGFPRFAGDCASGHRRSNSGTNAELKSDITDYCSQMILQLHDVYDPNKINVKIKLVSGTPCGAVAAEAKKNQANWVVLDKHLKNEEKRCMEELQCNIVVMKRSQPKVLRLNLVGTARKEQEAVSSDDNQSSEKKENRKDCLNPTRGPLVTPSSSPETFTATEAGTSSVSSSDPGTSPFFITDVKDGLKKEKLLVT...
XP_057771978.1
MSRELKKGEKVEKGSAMAEKVVVAVKAAKEIPKTALVWALTHVVQPGDCITLLVVISSHSSGRKLWGFPRFAGDCASGHRRSNSGTNAELKSDITDYCSQMILQLHDVYDPNKINVKIKLVSGTPCGAVAAEAKKNQANWVVLDKHLKNEEKRCMEELQCNIVVMKRSQPKVLRLNLVGTARKEQEAVSSDDNQSSEKKENRKDCLNPTRGPLVTPSSSPETFTATEAGTSSVSSSDPGTSPFFITDVKDGLKKEKLLVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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