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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003308

染色体: Chr01 坐标: 51773880-51777439 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003308
名称SmilChr01G003308
描述IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51773880 - 51777439 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991869
GeneID130991869
locus_tag-
NCBI NameLOC130991869
原始查询SmilChr01G003308

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4
产物IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4
ArabidopsisAT1G51760 (IAR3)
peptidase M20/M25/M40 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841602]
identity=66.4; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0560000 (ILL1)
-
identity=66.3; qcov=0.928; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0009850 (auxin metabolic process); GO:0010179 (IAA-Ala conjugate hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF01546 (Peptidase_M20); PF07687 (M20_dimer)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991869

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057772278.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 1.00000 XP_057772289.1
3 Melanosome Melanosome 0.20000 XP_057772289.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772278.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772278.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51775833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:51775918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr1:51775996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:51776136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:51776284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:51776345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:51776360 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 2 C64,C66
Chr1:51776360 C CTT 2bp_insertion CDS_variant 2 C64,C66
Chr1:51776432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:51776463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B56,B96
Chr1:51776498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,C25,C30,D3
Chr1:51776524 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772278.1
461 aa
N
1
230
461
Peptidase_M20
M20_dimer
C
PF01546 Peptidase_M20 108-267 aa PF07687 M20_dimer 217-309 aa
XP_057772289.1
444 aa
N
1
222
444
Peptidase_M20
M20_dimer
C
PF01546 Peptidase_M20 108-422 aa PF07687 M20_dimer 217-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772278.1 Pfam PF01546 Peptidase_M20 Family 108 267 2.4e-28 100.2 Peptidase family M20/M25/M40
XP_057772278.1 Pfam PF07687 M20_dimer Domain 217 309 1.6e-09 38.4 Peptidase dimerisation domain
XP_057772289.1 Pfam PF01546 Peptidase_M20 Family 108 422 6.9e-41 141.1 Peptidase family M20/M25/M40
XP_057772289.1 Pfam PF07687 M20_dimer Domain 217 311 6.2e-10 39.7 Peptidase dimerisation domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916306.1
AACTAGGAGTACTTTTTTATGCAATTGCCAATTGGTGTCTACATCTCATTCGCTTTGCCGTTTGATAGCAGCGAATACAAGCAGAAGAAAAAACACTATCTTTCACCTCAAAATCTGATTTTTTTATACTGGGATTGAAAAATCTGTTGTAGATGCCCGAAACAATTTTAGATTAAGAGAAAAATCGGGAAGGGGGGACAGAGAATTCAAGAACTCATGAGTTGTTCAAAGCTGCTATTCTTATTTTTCATCCAGTTGTT...
XM_057916295.1
ACTTTTTTATGCAATTGCCAATTGGTGTCTACATCTCATTCGCTTTGCCGTTTGATAGCAGCGAATACAAGCAGAAGAAAAAACACTATCTTTCACCTCAAAATCTGATTTTTTTATACTGGGATTGAAAAATCTGTTGTAGATGCCCGAAACAATTTTAGATTAAGAGAAAAATCGGGAAGGGGGGACAGAGAATTCAAGAACTCATGAGTTGTTCAAAGCTGCTATTCTTATTTTTCATCCAGTTGTTTTTATGCAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991869
ATGAGTTGTTCAAAGCTGCTATTCTTATTTTTCATCCAGTTGTTTTTATGCAAACCCATTTTTGCAGAAAAGATTTTGAGCCCAGAAGAGCTGTCTGAAATCCCCAAGAATTTCCTCAACTTCGCCAAGAAAGATGAGGTTTTTGATTGGATGGTGGGGATTAGGAGAAAGATACACGAGAATCCTGAGCTGGGATATGAAGAATTTGAGACGAGCAAACTAGTGAGAGAGGAGTTGGATAAGATGGGGATTCCGTACAA...
LOC130991869
ATGAGTTGTTCAAAGCTGCTATTCTTATTTTTCATCCAGTTGTTTTTATGCAAACCCATTTTTGCAGAAAAGATTTTGAGCCCAGAAGAGCTGTCTGAAATCCCCAAGAATTTCCTCAACTTCGCCAAGAAAGATGAGGTTTTTGATTGGATGGTGGGGATTAGGAGAAAGATACACGAGAATCCTGAGCTGGGATATGAAGAATTTGAGACGAGCAAACTAGTGAGAGAGGAGTTGGATAAGATGGGGATTCCGTACAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772278.1
MSCSKLLFLFFIQLFLCKPIFAEKILSPEELSEIPKNFLNFAKKDEVFDWMVGIRRKIHENPELGYEEFETSKLVREELDKMGIPYKYPFAITGVVGYIGTGEPPFVAIRADMDALSLQEMVEWDHKSKNHGKMHACGHDAHVAMLLGAAKILREHLHLLKGTAVLVFQPAEEGGGGAKKMIEGGALENVEAIFGIHSSTFLPPGEVSTRSGPLLAGSGFFEAVISGRGGHAAIPQHSIDPILAASNVIVSLQHLVSREA...
XP_057772289.1
MSCSKLLFLFFIQLFLCKPIFAEKILSPEELSEIPKNFLNFAKKDEVFDWMVGIRRKIHENPELGYEEFETSKLVREELDKMGIPYKYPFAITGVVGYIGTGEPPFVAIRADMDALSLQEMVEWDHKSKNHGKMHACGHDAHVAMLLGAAKILREHLHLLKGTAVLVFQPAEEGGGGAKKMIEGGALENVEAIFGIHSSTFLPPGEVSTRSGPLLAGSGFFEAVISGRGGHAAIPQHSIDPILAASNVIVSLQHLVSREA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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