Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003309

染色体: Chr01 坐标: 51778814-51781960 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003309
名称SmilChr01G003309
描述IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向51778814 - 51781960 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991876
GeneID130991876
locus_tag-
NCBI NameLOC130991876
原始查询SmilChr01G003309

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4
产物IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4
ArabidopsisAT1G51760 (IAR3)
peptidase M20/M25/M40 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841602]
identity=64.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0560000 (ILL1)
-
identity=64.1; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0009850 (auxin metabolic process); GO:0010179 (IAA-Ala conjugate hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF01546 (Peptidase_M20); PF07687 (M20_dimer)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057772302.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.60000 XP_057772302.1
3 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057772302.1
4 Melanosome Melanosome 0.20000 XP_057772302.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772302.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:51781560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:51781664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772302.1
441 aa
N
1
220
441
Peptidase_M20
M20_dimer
C
PF01546 Peptidase_M20 104-419 aa PF07687 M20_dimer 217-307 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772302.1 Pfam PF01546 Peptidase_M20 Family 104 419 1.8e-45 156.1 Peptidase family M20/M25/M40
XP_057772302.1 Pfam PF07687 M20_dimer Domain 217 307 3.1e-10 40.7 Peptidase dimerisation domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916319.1
GTATAAACTTTCCAATAAAAGAGACTGGAAATGAAAGCAACCAACTCACTATTGCTTCCCAAATATGAAGTGTCAGAATGAAGAGAGAGAAGCATCATGTCCTGATAAATACAAGAAGTGGCCAACAAACACTTGAAGTTCCATACGCCTATGCTTCTGTAGTTCTTTACATATTTTTCAACGGCAAAGGACTATTTCTTTTTCTTTTTCAAGAAACCAACAAGTAGCAAGCAATCAGCTTGAAGCAGTAGCCATGAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991876
ATGAGTAATTCCAGATGGGCTTTCTTGATTTGCATTGCTTTCTTATTTTTCTGCAAACCCATTTCCGCAGACTTGAATCCCTCTGAAATCCCCCCAAAATTCCTCAACTTCGCCAAGAAAGCCGAGATTTTTGATTGGATGGTGGGGATTAGGAGAAAAATACACGAAAATCCTGAACTGGGTTATCAAGAATTCGAGACCAGTAATCTAATTAAGCAAGAACTTGAAAAGATGGGGATTTCGTATAAGCACCCTGTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772302.1
MSNSRWAFLICIAFLFFCKPISADLNPSEIPPKFLNFAKKAEIFDWMVGIRRKIHENPELGYQEFETSNLIKQELEKMGISYKHPVAGTGLLGFIGSGQPPFVAIRADMDALALQEMVESDYKSKNDGKMHACGHDGHVTMLLGAARILQEHRNLLKGTVVLVFQPAEEGGGGARKMIEAGSLDDVQAIFGLHNDPLLPLGQVACRPGPLAAGSGIFEAEISGKGGHAAIPQQAIDPILAASNVVVSLQQLVSRESDPLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器