当前解析结果
SmilChr01G003309| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003309 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003309 |
| 描述 | IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 51778814 - 51781960 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991876 |
|---|---|
| GeneID | 130991876 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991876 |
| 原始查询 | SmilChr01G003309 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4 |
| 产物 | IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4 |
| Arabidopsis | AT1G51760 (IAR3)peptidase M20/M25/M40 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841602] identity=64.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0560000 (ILL1)- identity=64.1; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0009850 (auxin metabolic process); GO:0010179 (IAA-Ala conjugate hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01546 (Peptidase_M20); PF07687 (M20_dimer) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991876 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057772302.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum lumen | 内质网腔 | 0.60000 | XP_057772302.1 |
| 3 | Lysosome | 溶酶体 | 0.20000 | XP_057772302.1 |
| 4 | Melanosome | Melanosome | 0.20000 | XP_057772302.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772302.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:51781560 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:51781664 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772302.1PF01546
Peptidase_M20 104-419 aa
PF07687
M20_dimer 217-307 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772302.1 |
Pfam | PF01546 |
Peptidase_M20 | Family | 104 | 419 | 1.8e-45 | 156.1 | Peptidase family M20/M25/M40 |
XP_057772302.1 |
Pfam | PF07687 |
M20_dimer | Domain | 217 | 307 | 3.1e-10 | 40.7 | Peptidase dimerisation domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。