Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003313`

染色体: Chr01 坐标: 51847128-51853630 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003313`
名称	SmilChr01G003313
描述	uncharacterized SmilChr01G003313
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	51847128 - 51853630 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991929`
GeneID	`130991929`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991929`
原始查询	`SmilChr01G003313`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07468 (Agglutinin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991929

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057772372.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057772372.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772372.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772372.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772372.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:51852048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr1:51852051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,C2
`Chr1:51852079`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,B84
`Chr1:51852189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C71,D11
`Chr1:51852206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:51852240`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D10
`Chr1:51852240`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D10
`Chr1:51852273`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B35
`Chr1:51852273`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B35
`Chr1:51852299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B133
`Chr1:51852299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr1:51852357`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	frameshift_variant	28	A1,A20,B109,B110,B120,B122,B125,B134,B139,B18,B20,B23,B24,B25,B42,B50,B57,B71,B73,B8,B95,C31,C57,C71,C74,C81,C82,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772372.1

468 aa

234

468

Agglutinin

PF07468 Agglutinin 43-119 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772372.1`	Pfam	`PF07468`	Agglutinin	Domain	43	119	8.6e-14	52.7	Agglutinin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916389.1
CGACATGATTTTAAATTCACGTTTCAATTAAAACAACGGCCACAATTAAACACAGAGGATTAGACCCTCAAATTTATCTATAAATAGAGTCAAAGAAAACACCTTCTCAACACACCAAAATCAATTCTTCAACTCAATATCGATCGGCTCTTTTATTGGAGATATGACAACTCTGGCGGCAGACGCAATTCCAAGATTCATTGTGATGAAATCAAAACCATATAGTGATAAAGGGCATGCATACTTCAAGGCAGATGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991929
ATGACAACTCTGGCGGCAGACGCAATTCCAAGATTCATTGTGATGAAATCAAAACCATATAGTGATAAAGGGCATGCATACTTCAAGGCAGATGCAAAGGGCAGTGGTGGGTCCGTAGTTCTGGGTGAAGCCGACGTGTTCAGCACGCTCGTGAAGATGGAGGCCGAGCGATCAACGAGCGACAACAAATACATCAGCCTGCGATTTGGTTACTCCAATAGATATTGGGTGCTCAAGGCAAACAGCAACTTGATTGTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772372.1
MTTLAADAIPRFIVMKSKPYSDKGHAYFKADAKGSGGSVVLGEADVFSTLVKMEAERSTSDNKYISLRFGYSNRYWVLKANSNLIVAESDQPDEDTTKPTCTLFEAVKVDDFFYLIHVQSGGRVLIDSKTLHFFLKSDVKSDEGYLTFVDWDSLVKLPPRVAFKGDNGKYLGTMIAILNFTYDDPNAEASIYVVEQSPDGNVRIKWGVADEQYWYWAQDNNDLIEVDPVSQGNQFWPVKMDENSIALRSIYNKQFCRHLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器