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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003352

染色体: Chr01 坐标: 52265747-52271409 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003352
名称SmilChr01G003352
描述putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 29
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52265747 - 52271409 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992171
GeneID130992171
locus_tag-
NCBI NameLOC130992171
原始查询SmilChr01G003352

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 29
产物putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 29
ArabidopsisAT1G77030 (AT1G77030)
putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 29 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844039]
identity=69.2; qcov=0.916; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0416100 (OS-RNAH)
-
identity=63.9; qcov=0.908; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0003724 (RNA helicase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF08147 (DBP10CT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992171

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772699.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057772699.1
3 Nucleolus rim Nucleolus rim 0.20000 XP_057772699.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772699.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772699.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52265994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B76,B99
Chr1:52266135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B76,B99
Chr1:52266214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr1:52266216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C64
Chr1:52266513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B15,B76,B99,D9
Chr1:52266933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B122,B41,B85,C65
Chr1:52267139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr1:52267423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr1:52268070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr1:52268500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr1:52268653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C78
Chr1:52268662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,A8,B39,B53,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772699.1
846 aa
N
1
423
846
DEAD
Helicase_C
DBP10CT
C
PF00270 DEAD 52-220 aa PF00271 Helicase_C 256-366 aa PF08147 DBP10CT 637-699 aa
XP_057772708.1
846 aa
N
1
423
846
DEAD
Helicase_C
DBP10CT
C
PF00270 DEAD 52-220 aa PF00271 Helicase_C 256-366 aa PF08147 DBP10CT 637-699 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772699.1 Pfam PF00270 DEAD Domain 52 220 5.2e-51 173.4 DEAD/DEAH box helicase
XP_057772699.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 256 366 2.7e-24 86.2 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057772699.1 Pfam PF08147 DBP10CT Domain 637 699 4.1e-14 53.3 DBP10CT (NUC160) domain
XP_057772708.1 Pfam PF00270 DEAD Domain 52 220 5.2e-51 173.4 DEAD/DEAH box helicase
XP_057772708.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 256 366 2.7e-24 86.2 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057772708.1 Pfam PF08147 DBP10CT Domain 637 699 4.1e-14 53.3 DBP10CT (NUC160) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916725.1
AGCCCGCCTCCTCCCTCCTGAATCCCGTCAGCTCTTCAGCCTGCCTCCACCCTCTCCGACCGTCCGACGCTAGTCACCACCTCCGTGAGCCGCCCTCTGTCCGCCAGCCTCCGTCTGCTTCTTTCGTGATTCCAGGCTTCCAGCCGGCCTGCCCTAAGCGCGAGTCCAGTCCAAGCCGCTCCACCACTTCACCGCGCCACGCCGCCGACCGTCTACCGCCCGTCCGCCGCCCAACCAACCGAAGGCTATTTGCCATCTCC...
XM_057916716.1
AGCCCGCCTCCTCCCTCCTGAATCCCGTCAGCTCTTCAGCCTGCCTCCACCCTCTCCGACCGTCCGACGCTAGTCACCACCTCCGTGAGCCGCCCTCTGTCCGCCAGCCTCCGTCTGCTTCTTTCGTGATTCCAGGCTTCCAGCCGGCCTGCCCTAAGCGCGAGTCCAGTCCAAGCCGCTCCACCACTTCACCGCGCCACGCCGCCGACCGTCTACCGCCCGTCCGCCGCCCACACAGACCAACCGAAGGCTATTTGCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992171
ATGATGAGAGCCGGAGGTATTCTAGCTGCTTCGAAGACGGAGTTCAAGAAAAAACAGGAACAAGCTAAGAAATCGAAATCATGCGGATTCGAGTCCTTGGGACTAAGTCTTAATATCTATAATGGGGTGAAGAAGAAGGGTTATAGGGTTCCGACGCCCATTCAGAGGAAAACCATGCCGTTGATTCTAACAGGATACGATGTGGTCGCCATGGCCCGCACCGGCTCCGGAAAGACCGCGGCCTTTCTGATTCCCATGCT...
LOC130992171
ATGATGAGAGCCGGAGGTATTCTAGCTGCTTCGAAGACGGAGTTCAAGAAAAAACAGGAACAAGCTAAGAAATCGAAATCATGCGGATTCGAGTCCTTGGGACTAAGTCTTAATATCTATAATGGGGTGAAGAAGAAGGGTTATAGGGTTCCGACGCCCATTCAGAGGAAAACCATGCCGTTGATTCTAACAGGATACGATGTGGTCGCCATGGCCCGCACCGGCTCCGGAAAGACCGCGGCCTTTCTGATTCCCATGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772699.1
MMRAGGILAASKTEFKKKQEQAKKSKSCGFESLGLSLNIYNGVKKKGYRVPTPIQRKTMPLILTGYDVVAMARTGSGKTAAFLIPMLQKLQQHVPQAGVRALILSPTRDLALQTFKFAKELGRYTGLRASLLVGGDSMENQFEELAQRPDYIIATPGRLMHHLEEVDDMSLRTVEYVVFDEADCLFSMGFAEQLHKILAQLSENRQTLLFSATLPSALAEFAKAGLRDPQLVRLDLETKISPDLKLCFFTLREEEKRAAV...
XP_057772708.1
MMRAGGILAASKTEFKKKQEQAKKSKSCGFESLGLSLNIYNGVKKKGYRVPTPIQRKTMPLILTGYDVVAMARTGSGKTAAFLIPMLQKLQQHVPQAGVRALILSPTRDLALQTFKFAKELGRYTGLRASLLVGGDSMENQFEELAQRPDYIIATPGRLMHHLEEVDDMSLRTVEYVVFDEADCLFSMGFAEQLHKILAQLSENRQTLLFSATLPSALAEFAKAGLRDPQLVRLDLETKISPDLKLCFFTLREEEKRAAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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