Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003360

染色体: Chr01 坐标: 52337701-52345271 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003360
名称SmilChr01G003360
描述transcriptional corepressor SEUSS-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52337701 - 52345271 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992109
GeneID130992109
locus_tag-
NCBI NameLOC130992109
原始查询SmilChr01G003360

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcriptional corepressor SEUSS-like
产物transcriptional corepressor SEUSS-like
ArabidopsisAT1G43850 (SEU)
SEUSS transcriptional co-regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840981]
identity=57.4; qcov=1.07; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0207000 (OsSEU)
-
identity=55.9; qcov=0.692; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000122 (negative regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0005634 (nucleus); GO:0005667 (transcription regulator complex); GO:0045944 (positive regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF01803 (LIM_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992109

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772594.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772594.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772594.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772594.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772594.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52338878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr1:52343598 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B109
Chr1:52343598 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B109
Chr1:52343824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:52344052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772594.1
916 aa
N
1
458
916
LIM_bind
C
PF01803 LIM_bind 344-598 aa
XP_057772603.1
916 aa
N
1
458
916
LIM_bind
C
PF01803 LIM_bind 344-598 aa
XP_057772613.1
878 aa
N
1
439
878
LIM_bind
C
PF01803 LIM_bind 306-560 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772594.1 Pfam PF01803 LIM_bind Family 344 598 9.9e-70 235.5 LIM-domain binding protein
XP_057772603.1 Pfam PF01803 LIM_bind Family 344 598 9.9e-70 235.5 LIM-domain binding protein
XP_057772613.1 Pfam PF01803 LIM_bind Family 306 560 9.1e-70 235.6 LIM-domain binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916611.1
TAGAATTTTGACGTCCGCAATAAAAACCCCTCTAAGGCTCACATACCCCTCTCTCTCTGTTCATCCCTCTCTCTCTCTCTCTAAAAAGTGAGCTCAAATAAACTGTCTGCCTCTCTCTCTAGTTTCGCTGAAAGATTTGGGGACGACTTTTTTCGCGATATCTGTCTCATACAAACACTGCGGAAACACACATGTTTTGTTGCGCTTGTGCGCTCTTGACTTTGGGGTTTCCTTGGAGTGGGGAAGCGGAATTCATTCAT...
XM_057916620.1
TAGAATTTTGACGTCCGCAATAAAAACCCCTCTAAGGCTCACATACCCCTCTCTCTCTGTTCATCCCTCTCTCTCTCTCTCTAAAAAGTGAGCTCAAATAAACTGTCTGCCTCTCTCTCTAGTTTCGCTGAAAGATTTGGGGACGACTTTTTTCGCGATATCTGTCTCATACAAACACTGCGGAAACACACATGTTTTGTTGCGCTTGTGCGCTCTTGACTTTGGGGTTTCCTTGGAGTGGGGAAGCGGAATTCATTCAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992109
ATGGTGCCGCAAGGGCCTCCCCCTCCGCATGGTGGAGCCCAGCCGGTTCCGCCTTCATTGTTAAGATCAAATTCCGGGTTGTTGGGTGGGCAAGGAGGTGGGATGCCCTCCCAGAATGCATTTCCTTCTTTAGTGTCGCCGCGCAATCAGTTCACAAACATGAATATGCTCGGAAATGGTCCCAACGTTTCGTCTCTGCTTCACCAGTCATTTGGAAATGGAGGCTCAAGTTCTGGTTTGTCTGGTCCAGCCAATCCAAA...
LOC130992109
ATGGTGCCGCAAGGGCCTCCCCCTCCGCATGGTGGAGCCCAGCCGGTTCCGCCTTCATTGTTAAGATCAAATTCCGGGTTGTTGGGTGGGCAAGGAGGTGGGATGCCCTCCCAGAATGCATTTCCTTCTTTAGTGTCGCCGCGCAATCAGTTCACAAACATGAATATGCTCGGAAATGGTCCCAACGTTTCGTCTCTGCTTCACCAGTCATTTGGAAATGGAGGCTCAAGTTCTGGTTTGTCTGGTCCAGGTAGCTTTCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057772594.1
MVPQGPPPPHGGAQPVPPSLLRSNSGLLGGQGGGMPSQNAFPSLVSPRNQFTNMNMLGNGPNVSSLLHQSFGNGGSSSGLSGPGSFPRALVDGGPQSVPLSSNGNGMGFNTPSSYISTSIAANPNSSGHGQGQQQFSNPSSNQMLSEQQQAQQLDPQSFQHNQQQLQQFSVPNSQQQQQQQQQQQQQQQHQHQHQQFQAMRAGLGGAGHVKLEPQTTNEQASQQLQALRTLSSVKMEPQQLQSMRSLGPVKLEPQQSDPS...
XP_057772603.1
MVPQGPPPPHGGAQPVPPSLLRSNSGLLGGQGGGMPSQNAFPSLVSPRNQFTNMNMLGNGPNVSSLLHQSFGNGGSSSGLSGPGSFPRALVDGGPQSVPLSSNGNGMGFNTPSSYISTSIAANPNSSGHGQGQQQFSNPSSNQMLSEQQQAQQLDPQSFQHNQQQLQQFSVPNSQQQQQQQQQQQQQQQHQHQHQQFQAMRAGLGGAGHVKLEPQTTNEQASQQLQALRTLSSVKMEPQQLQSMRSLGPVKLEPQQSDPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器