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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003371

染色体: Chr01 坐标: 52432451-52434854 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003371
名称SmilChr01G003371
描述uncharacterized SmilChr01G003371
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52432451 - 52434854 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009844
GeneID131009844
locus_tag-
NCBI NameLOC131009844
原始查询SmilChr01G003371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT1G06740 (MUG3)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]
identity=21.6; qcov=0.878; evalue=9.55e-35; confidence=weak
RiceOs01g0595300
-
identity=23.8; qcov=0.89; evalue=2.14e-40; confidence=weak
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009844

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793234.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793234.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793234.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793234.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793234.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793234.1
637 aa
N
1
318
637
MULE
Transposase_mut
SWIM
C
PF10551 MULE 272-346 aa PF00872 Transposase_mut 272-421 aa PF04434 SWIM 497-527 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793234.1 Pfam PF10551 MULE Domain 272 346 1.8e-12 48.2 MULE transposase domain
XP_057793234.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 272 421 5.8e-10 39.3 Transposase, Mutator family
XP_057793234.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 497 527 4.3e-07 30.0 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937251.1
ATGTTGTTGAAGACGATTACAGTGGAGGAGTGTATGTTCCTTCGTTCGATCTCCCTCAATCTTCCGGCCGGAGATTCACCGGCGCAACAAAGTGTTGAACCGTCGGTCACTTGGGGTAATGATCAGTCAACGGGTTGGCCTTCATGGGATGAGCCAAATCCGTACCAGTACGATCGCCTAATAACTGATCGTTGTTGGGGTCCAGCTGATGATCAATATACGTACGAGCCTCAGTTCGTGGAGGATGCTGGTAATGTAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009844
ATGTTGTTGAAGACGATTACAGTGGAGGAGTGTATGTTCCTTCGTTCGATCTCCCTCAATCTTCCGGCCGGAGATTCACCGGCGCAACAAAGTGTTGAACCGTCGGTCACTTGGGGTAATGATCAGTCAACGGGTTGGCCTTCATGGGATGAGCCAAATCCGTACCAGTACGATCGCCTAATAACTGATCGTTGTTGGGGTCCAGCTGATGATCAATATACGTACGAGCCTCAGTTCGTGGAGGATGCTGGTAATGTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793234.1
MLLKTITVEECMFLRSISLNLPAGDSPAQQSVEPSVTWGNDQSTGWPSWDEPNPYQYDRLITDRCWGPADDQYTYEPQFVEDAGNVDEDYVSSSEAETDTSASEDLSETENVRRAGIEYAGWQNLQIDEDDDEQGKEFSVSKSDSRRVYFKCKHSDTCPFKLHASSQDGVIWGVYKFTNEHSCDGELGRVARIKAPAKVVAAYLAQKIHDDCEILKPKAIQLELRREFGVQIKYDVALRARNRATEMVYGRHDQSFEMLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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