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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003377

染色体: Chr01 坐标: 52451698-52457093 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003377
名称SmilChr01G003377
描述zinc finger CCCH domain-containing protein 55-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52451698 - 52457093 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992155
GeneID130992155
locus_tag-
NCBI NameLOC130992155
原始查询SmilChr01G003377

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger CCCH domain-containing protein 55-like
产物zinc finger CCCH domain-containing protein 55-like
ArabidopsisAT2G10553 (AT2G10553)
zinc finger CCCH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28718239]
identity=58.5; qcov=0.094; evalue=1.49e-26; confidence=weak
RiceOs08g0135800 (OsC3H55)
-
identity=53.2; qcov=0.125; evalue=9.51e-27; confidence=weak
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF14608 (zf-CCCH_2); PF18044 (zf-CCCH_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992155

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772670.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772670.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772670.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772670.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772670.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52453019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:52453054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr1:52453264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B28,B59,C38,C75
Chr1:52453506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B129,B4,C36,C59
Chr1:52453526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:52453597 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C15
Chr1:52453597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:52453612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr1:52453772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr1:52454054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:52454273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B100,B106,C22,C35
Chr1:52454355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B123,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772670.1
873 aa
N
1
436
873
zf-CCCH_2
zf-CCCH_4
zf-CCCH_2
C
PF14608 zf-CCCH_2 281-300 aa PF18044 zf-CCCH_4 281-301 aa PF14608 zf-CCCH_2 332-350 aa
XP_057772679.1
873 aa
N
1
436
873
zf-CCCH_2
zf-CCCH_4
zf-CCCH_2
C
PF14608 zf-CCCH_2 281-300 aa PF18044 zf-CCCH_4 281-301 aa PF14608 zf-CCCH_2 332-350 aa
XP_057772687.1
873 aa
N
1
436
873
zf-CCCH_2
zf-CCCH_4
zf-CCCH_2
C
PF14608 zf-CCCH_2 281-300 aa PF18044 zf-CCCH_4 281-301 aa PF14608 zf-CCCH_2 332-350 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772670.1 Pfam PF14608 zf-CCCH_2 Domain 281 300 6.9e-06 27.1 RNA-binding, Nab2-type zinc finger
XP_057772670.1 Pfam PF18044 zf-CCCH_4 Domain 281 301 5e-11 42.8 CCCH-type zinc finger
XP_057772670.1 Pfam PF14608 zf-CCCH_2 Domain 332 350 6.9e-06 27.1 RNA-binding, Nab2-type zinc finger
XP_057772679.1 Pfam PF14608 zf-CCCH_2 Domain 281 300 6.9e-06 27.1 RNA-binding, Nab2-type zinc finger
XP_057772679.1 Pfam PF18044 zf-CCCH_4 Domain 281 301 5e-11 42.8 CCCH-type zinc finger
XP_057772679.1 Pfam PF14608 zf-CCCH_2 Domain 332 350 6.9e-06 27.1 RNA-binding, Nab2-type zinc finger
XP_057772687.1 Pfam PF14608 zf-CCCH_2 Domain 281 300 6.9e-06 27.1 RNA-binding, Nab2-type zinc finger
XP_057772687.1 Pfam PF18044 zf-CCCH_4 Domain 281 301 5e-11 42.8 CCCH-type zinc finger
XP_057772687.1 Pfam PF14608 zf-CCCH_2 Domain 332 350 6.9e-06 27.1 RNA-binding, Nab2-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916687.1
TCTTTATTTGTAAATTTACCATTTGTATTTATTTATCCTAATTTCTACTACCTTCGCATATAACCTGCGACCAAACGACTCTCACTGAGTCAATTCTCTCTGTAAATCCGAGACACGCACCCTTTCTCTCTCTAGCTAGCTCGCTCGCGAGGGTTTGGTTACTAGATTCAAAGATCCAGCTGCATGAGCTGAGGGAAAATATACTGCAAGCTTTTGCTAGCAAGGGTTCTCTATGGGTGAACGTAGAAAACGCAAATCAT...
XM_057916696.1
AATTTCTACTACCTTCGCATATAACCTGCGACCAAACGACTCTCACTGAGTCAATTCTCTCTGTAAATCCGAGACACGCACCCTTTCTCTCTCTAGCTAGCTCGCTCGCGAGGGTTTGGTTACTAGATTCAAAGATGAGCTTTTTGTGAGGTTGACATCATATAATGGGAATGCTCTCCAGTTCCTCCTACATTTCCACTTGACCATAAGTGAAAAATCCAGCTGCATGAGCTGAGGGAAAATATACTGCAAGCTTTTGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992155
ATGGGTGAACGTAGAAAACGCAAATCATTGTGGAGTGAGGAAGCAGAAACAAAGCCTTTTATCGGAAATCATAATTGGATAGGTAAGGACAAACATCCCAGTCATGATAGGGAACATGATCATGAATTTCCTGCATCTGGATCCCACGGAGTGCCGAAGTTCAGGTATCATTCTGGTCATCCATCTATGGAATCAATTCACGAAGACCCAGTTGCTTGGACAAATGGCAGCTTTGCCAAAGGTAGAGAGAATGCTTATGA...
LOC130992155
ATGGGTGAACGTAGAAAACGCAAATCATTGTGGAGTGAGGAAGCAGAAACAAAGCCTTTTATCGGAAATCATAATTGGATAGGTAAGGACAAACATCCCAGTCATGATAGGGAACATGATCATGAATTTCCTGCATCTGGATCCCACGGAGTGCCGAAGTTCAGGTATCATTCTGGTCATCCATCTATGGAATCAATTCACGAAGACCCAGTTGCTTGGACAAATGGCAGCTTTGCCAAAGGTAGAGAGAATGCTTATGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057772670.1
MGERRKRKSLWSEEAETKPFIGNHNWIGKDKHPSHDREHDHEFPASGSHGVPKFRYHSGHPSMESIHEDPVAWTNGSFAKGRENAYEGKEIGGEDSYYHDMSSEFKYNHFLEDDRSHSRRYPGRGRSRSRSRSRGRCHSRSLSRGRERERARGGSRSRSRSDSDARGWTRSRSPLGDYKHQASGWSDRRSLSEISTEADFASGRGRRDGFSKYLHPKNTSHRDGGLGGGDTSESRRIRADHGNDSRQSYSRGPRIELRSD...
XP_057772679.1
MGERRKRKSLWSEEAETKPFIGNHNWIGKDKHPSHDREHDHEFPASGSHGVPKFRYHSGHPSMESIHEDPVAWTNGSFAKGRENAYEGKEIGGEDSYYHDMSSEFKYNHFLEDDRSHSRRYPGRGRSRSRSRSRGRCHSRSLSRGRERERARGGSRSRSRSDSDARGWTRSRSPLGDYKHQASGWSDRRSLSEISTEADFASGRGRRDGFSKYLHPKNTSHRDGGLGGGDTSESRRIRADHGNDSRQSYSRGPRIELRSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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