Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003384`

染色体: Chr01 坐标: 52521412-52524650 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003384`
名称	SmilChr01G003384
描述	uncharacterized protein C57A10.07
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	52521412 - 52524650 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992847`
GeneID	`130992847`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992847`
原始查询	`SmilChr01G003384`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838736]; symbol=AT1G21370; hit=AT1G21370; species=arabidopsis; confidence=high
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838736]; symbol=AT1G21370; hit=AT1G21370; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G21370` (AT1G21370) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838736] identity=70.5; qcov=1; evalue=1.29e-177; confidence=high
Rice	`Os04g0438500` - identity=65.3; qcov=0.991; evalue=2.24e-164; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992847

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057773590.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057773590.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057773590.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773590.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773590.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:52521438`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B103,B113,B124,B85,C33,C56,C63,C65,C67
`Chr1:52521466`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr1:52521612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr1:52521712`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B28,B59,C38,C75
`Chr1:52521730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B118,B68,C42
`Chr1:52521822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr1:52522201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr1:52523778`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr1:52523815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:52523923`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,B69,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917615.1
CAAAAAAAAGAAGATTGCAAACTATTATTTCATCAATCTATAGAAAAGGTTGAGCTTTCTCGATACATTCATGTAAGGATGAAAGCAACTAATTCATCATCATCTAATGAAAATTAGATTAGTTGACCATTCCTGGCGAGATCCCAACAATTTACAGATCACCCTAAAAATTTTAGGAAAATCATAGTGATTTGTTTAATTCCCTTATTTCTTCATCCGAATTCAACACTACTGCCTTTTTTATTGAAGCTCAGAAACGC...

XM_057917607.1
AAAAAAGAAGATTGCAAACTATTATTTCATCAATCTATAGAAAAGGTTGAGCTTTCTCGATACATTCATGTAAGGATGAAAGCAACTAATTCATCATCATCTAATGAAAATTAGATTAGTTGACCATTCCTGGCGAGATCCCAACAATTTACAGATCACCCTAAAAATTTTAGGAAAATCATAGTGATTTGTTTAATTCCCTTATTTCTTCATCCGAATTCAACACTACTGCCTTTTTTATTGAAGCTCAGAAACGCAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130992847
ATGAAGCCAAGTTATTCATTTGGATCTAGTAGTAGTAACAGTCCCAAGTCATTCCAAGCATATCCAAGGAGGGATTTTGACTTAGAATCTGGGATTGCTAAGAGATCACGAAAGCCTAAAAATAATCTGCTGAGAATGATCAAATCACTAGGAAATAGGGTACATCATTATGTTAAGCTCCACCCCCTTTTGCTGTTCTTGATTTGCTTGTCAATTGGCGTTTGTGCCCTAATTTTATTCTCTGTTTATGATGGAGGTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057773590.1
MKPSYSFGSSSSNSPKSFQAYPRRDFDLESGIAKRSRKPKNNLLRMIKSLGNRVHHYVKLHPLLLFLICLSIGVCALILFSVYDGGVRMMSTYRAVEGNADRDRDRYPFASLRNLVMVAGHSVYTSSSCEKVDKENAWYLEAYQKHPGQAATFVTHIEKGVEIAARDDATLLLFSGGETRKDAGPRSEAQSYWIVAESKQWFGNRDSVRSRALTEEHARDSFENLLFSVCRFRELTGTYPHNITVVGYDFKEERFVHLHR...

XP_057773598.1
MKPSYSFGSSSSNSPKSFQAYPRRDFDLESGIAKRSRKPKNNLLRMIKSLGNRVHHYVKLHPLLLFLICLSIGVCALILFSVYDGGVRMMSTYRAVEGNADRDRDRYPFASLRNLVMVAGHSVYTSSSCEKVDKENAWYLEAYQKHPGQAATFVTHIEKGVEIAARDDATLLLFSGGETRKDAGPRSEAQSYWIVAESKQWFGNRDSVRSRALTEEHARDSFENLLFSVCRFRELTGTYPHNITVVGYDFKEERFVHLHR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器