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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003388

染色体: Chr01 坐标: 52562027-52567580 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003388
名称SmilChr01G003388
描述uncharacterized SmilChr01G003388
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52562027 - 52567580 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992411
GeneID130992411
locus_tag-
NCBI NameLOC130992411
原始查询SmilChr01G003388

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840971]; symbol=AT1G43770; hit=AT1G43770; species=arabidopsis; confidence=weak
产物RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840971]; symbol=AT1G43770; hit=AT1G43770; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT1G43770 (AT1G43770)
RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840971]
identity=38.6; qcov=0.282; evalue=2.15e-29; confidence=weak
RiceOs12g0161500
-
identity=38.9; qcov=0.315; evalue=5.88e-28; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF23121 (SPOC_AIPP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992411

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773023.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057773023.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773023.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773023.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773023.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52562253 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B106,B4,C36
Chr1:52562253 GA G 1bp_deletion CDS_variant 3 B106,B4,C36
Chr1:52562329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B25
Chr1:52562713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B25
Chr1:52563112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C61,C78
Chr1:52564164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:52564367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:52564401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr1:52564693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:52564721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C1,C16,C35
Chr1:52564734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C1,C16,C35
Chr1:52564784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773023.1
515 aa
N
1
258
515
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 333-460 aa
XP_057773028.1
515 aa
N
1
258
515
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 333-460 aa
XP_057773034.1
515 aa
N
1
258
515
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 333-460 aa
XP_057773043.1
515 aa
N
1
258
515
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 333-460 aa
XP_057773050.1
515 aa
N
1
258
515
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 333-460 aa
XP_057773059.1
514 aa
N
1
257
514
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 333-459 aa
XP_057773068.1
514 aa
N
1
257
514
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 333-459 aa
XP_057773075.1
514 aa
N
1
257
514
SPOC_AIPP2
C
PF23121 SPOC_AIPP2 333-459 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773023.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 333 460 7.5e-47 159.5 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057773028.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 333 460 7.5e-47 159.5 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057773034.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 333 460 7.5e-47 159.5 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057773043.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 333 460 7.5e-47 159.5 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057773050.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 333 460 7.5e-47 159.5 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057773059.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 333 459 8.8e-46 156.1 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057773068.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 333 459 8.8e-46 156.1 AIPP2, SPOC-like domain
XP_057773075.1 Pfam PF23121 SPOC_AIPP2 Domain 333 459 8.8e-46 156.1 AIPP2, SPOC-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917067.1
GCTAGATTATATTATCCCCTTATTAATATAAGGGTGTCTCGATCGATCATCGTCATTAAGTGTAGTACAACCCTTCTACTCATTAATTACTGCTATTATATATATTTAGGCAATTATTATTATTACGTCTTGGAGTAACATTTTTTTTTGTCTTTTTTTCTTTTTTTAGTTTTATTTATTAACAAAAATGAAAATGTTTTAATTTTGGGACGGAGCCACACCTGTTGTTCAAAATGGCAACAGTGAAAAGCTGGAAATCG...
XM_057917085.1
ACGTCTTGGAGTAACATTTTTTTTTGTCTTTTTTTCTTTTTTTAGTTTTATTTATTAACAAAAATGAAAATGTTTTAATTTTGGGACGGAGCCACACCTGTTGTTCAAAATGGCAACAGTGAAAAGCTGGAAATCGCGCGCAGAGGTTTAATGATTGAAAGAAATGTCAATGAGTGAGGTACTGTCGAGGATGCAACCATAGTTGATGTAGACCGCTGTTGATACCCTTCGTATGGAAACATGATTATACGTTCCTCTAC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130992411
ATGATTATACGTTCCTCTACCCCGGAGATAGTATGTTTGCAGTGTGGTGACGTAGGATTCAGTAATGCATTTGTGTTCTGTGTCAAATGCCTCAAATTTGCTGTGCATCGCTATTGCCTTAATGTCATACCGAAGTCACTCGATGAATTTGTTCGATGGCTTTGTGATGATTGTGAAGCTGAGGAGCAAAACCAACGGCCCCTCCTAAAAAATGATGCCATTCGCCACAAAAAAAGAGATTTCACAACTTCAGAGCATAT...
LOC130992411
ATGATTATACGTTCCTCTACCCCGGAGATAGTATGTTTGCAGTGTGGTGACGTAGGATTCAGTAATGCATTTGTGTTCTGTGTCAAATGCCTCAAATTTGCTGTGCATCGCTATTGCCTTAATGTCATACCGAAGTCACTCGATGAATTTGTTCGATGGCTTTGTGATGATTGTGAAGCTGAGGAGCAAAACCAACGGCCCCTCCTAAAAAATGATGCCATTCGCCACAAAAAAAGAGATTTCACAACTTCAGAGCATAT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057773023.1
MIIRSSTPEIVCLQCGDVGFSNAFVFCVKCLKFAVHRYCLNVIPKSLDEFVRWLCDDCEAEEQNQRPLLKNDAIRHKKRDFTTSEHIQGDTGTGTKKNGTVALTREEPAPQSYDPCAKIDLVERSVPDSDCHAVGLGMIDEEAIVLSAADASKRREQSSSCNLSADTSQRDIANAATGMRKDQHTPCDNSSATKEMKASKASLKRGHVLHHHGSDPETTAAPPRFSSYSGSFGISKKMKPDMPSPANLKDQECKPLFAQH...
XP_057773028.1
MIIRSSTPEIVCLQCGDVGFSNAFVFCVKCLKFAVHRYCLNVIPKSLDEFVRWLCDDCEAEEQNQRPLLKNDAIRHKKRDFTTSEHIQGDTGTGTKKNGTVALTREEPAPQSYDPCAKIDLVERSVPDSDCHAVGLGMIDEEAIVLSAADASKRREQSSSCNLSADTSQRDIANAATGMRKDQHTPCDNSSATKEMKASKASLKRGHVLHHHGSDPETTAAPPRFSSYSGSFGISKKMKPDMPSPANLKDQECKPLFAQH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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