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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003392

染色体: Chr01 坐标: 52644354-52644785 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003392
名称SmilChr01G003392
描述uncharacterized SmilChr01G003392
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52644354 - 52644785 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009876
GeneID131009876
locus_tag-
NCBI NameLOC131009876
原始查询SmilChr01G003392

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793265.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057793265.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793265.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793265.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793265.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52644359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92
Chr1:52644369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B118,B68,B84,C42
Chr1:52644423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C7
Chr1:52644551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92
Chr1:52644633 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C7
Chr1:52644633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr1:52644643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,B66,B98,C79
Chr1:52644656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,B99,C26
Chr1:52644664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr1:52644730 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 5 B118,B90,B97,C43,D11
Chr1:52644730 GCC G 2bp_deletion CDS_variant 5 B118,B90,B97,C43,D11
Chr1:52644735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937282.1
ATGGCTACATGTGATAATCTCTTGAAACGAAAGGTGGCTATTCAACAACAGGGGGCTCTCTGCGTTTTCTATAAGTCGACGATTGAGACGGTTGATCATATTTTCTTTGGCTGTCAAAAGACCTTGGAGCTGTGGAATGCGACGCTCTCATGGATTGGCAAACAAATGGCGATGCATTGCAAGGTGATTGACCATTTTAATGCTTTTATTAACCTTGGAAACAAGAAAGATAAACGGTTTTTGATCGGTGTTTGGTCGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009876
ATGGCTACATGTGATAATCTCTTGAAACGAAAGGTGGCTATTCAACAACAGGGGGCTCTCTGCGTTTTCTATAAGTCGACGATTGAGACGGTTGATCATATTTTCTTTGGCTGTCAAAAGACCTTGGAGCTGTGGAATGCGACGCTCTCATGGATTGGCAAACAAATGGCGATGCATTGCAAGGTGATTGACCATTTTAATGCTTTTATTAACCTTGGAAACAAGAAAGATAAACGGTTTTTGATCGGTGTTTGGTCGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793265.1
MATCDNLLKRKVAIQQQGALCVFYKSTIETVDHIFFGCQKTLELWNATLSWIGKQMAMHCKVIDHFNAFINLGNKKDKRFLIGVWSGLFWCIWKLRNERKFQHGVWNSKRTEAELKSRLWSWMTMYNVQKVTEDFRRWFEAAL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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