Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003394`

染色体: Chr01 坐标: 52660959-52662894 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003394`
名称	SmilChr01G003394
描述	sm-like protein LSM3A
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	52660959 - 52662894 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993375`
GeneID	`130993375`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993375`
原始查询	`SmilChr01G003394`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sm-like protein LSM3A
产物	sm-like protein LSM3A
Arabidopsis	`AT1G76860` (LSM3B) Small nuclear ribonucleoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844021] identity=86.6; qcov=1; evalue=2.82e-57; confidence=high
Rice	`Os01g0866700` - identity=95.5; qcov=0.918; evalue=4.58e-57; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0000932 (P-body); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005688 (U6 snRNP); GO:0033962 (P-body assembly); GO:0046540 (U4/U6 x U5 tri-snRNP complex); GO:0071011 (precatalytic spliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome); GO:1990726 (Lsm1-7-Pat1 complex)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01423 (LSM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993375

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057774224.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057774224.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057774224.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057774224.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774224.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:52661845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B118,B68,C42
`Chr1:52661869`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774224.1

97 aa

LSM

PF01423 LSM 16-92 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774224.1`	Pfam	`PF01423`	LSM	Domain	16	92	1.4e-17	63.8	LSM domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918241.1
AAAAAAAGGTGAGAAAGAAGAAAGATGGGGAGCGAAGAGGAGAGCGCCGTGAAGGAGCCGTTGGACCTCATTCGTCTCAGCCTCGATGAGCGCATCTACGTCAAGCTCCGCCACGACCGAGAGCTCCGCGGAAGGCTCCATGCTTATGATCAGCATTTGAACATGATTCTGGGTGATGTTGAAGAGATTGTTACGACAGTAGAGATTGATGATGAAACATATGAGGAAATTGTCAGGACCACAAGACGCACGGTGCCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993375
ATGGGGAGCGAAGAGGAGAGCGCCGTGAAGGAGCCGTTGGACCTCATTCGTCTCAGCCTCGATGAGCGCATCTACGTCAAGCTCCGCCACGACCGAGAGCTCCGCGGAAGGCTCCATGCTTATGATCAGCATTTGAACATGATTCTGGGTGATGTTGAAGAGATTGTTACGACAGTAGAGATTGATGATGAAACATATGAGGAAATTGTCAGGACCACAAGACGCACGGTGCCATTCTTATTTGTGAGAGGGGATGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774224.1
MGSEEESAVKEPLDLIRLSLDERIYVKLRHDRELRGRLHAYDQHLNMILGDVEEIVTTVEIDDETYEEIVRTTRRTVPFLFVRGDGVILVSPPLRTA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器