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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003407

染色体: Chr01 坐标: 52733025-52736021 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003407
名称SmilChr01G003407
描述receptor-like protein EIX1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52733025 - 52736021 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009892
GeneID131009892
locus_tag-
NCBI NameLOC131009892
原始查询SmilChr01G003407

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein EIX1
产物receptor-like protein EIX1
ArabidopsisAT2G34930 (AT2G34930)
disease resistance family protein / LRR family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818058]
identity=35.2; qcov=0.981; evalue=9.08e-128; confidence=medium
RiceOs01g0601675
-
identity=34.3; qcov=1.06; evalue=1.1e-152; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009892

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793279.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793279.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793279.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793279.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793279.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52733032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,A3
Chr1:52733769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr1:52734338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr1:52734550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:52734642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:52734861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr1:52734874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C41
Chr1:52734947 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 148 A1,A13,A14,A15,A18,A2,A21,A3,A4,A5,A6,A9,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B109,B111,B113,B114,B119,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B13,B130,B133,B135,B136,B140,B15,B16,B17,B19,B22,B23,B25,B26,B27,B28,B30,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B41,B45,B48,B49,B5,B51,B54,B55,B56,B58,B59,B60,B61,B64,B66,B70,B74,B75,B76,B81,B82,B83,B84,B85,B89,B9,B93,B94,B95,B96,B98,B99,C1,C12,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C27,C29,C3,C32,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C43,C44,C46,C47,C48,C5,C52,C53,C55,C56,C59,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C83,C84,C86,C87,D10,D2,D3,D4,D7,D8,D9
Chr1:52734950 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 148 A1,A13,A14,A15,A18,A2,A21,A3,A4,A5,A6,A9,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B109,B111,B113,B114,B119,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B13,B130,B133,B135,B136,B140,B15,B16,B17,B19,B22,B23,B25,B26,B27,B28,B30,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B41,B45,B48,B49,B5,B51,B54,B55,B56,B58,B59,B60,B61,B64,B66,B70,B74,B75,B76,B81,B82,B83,B84,B85,B89,B9,B93,B94,B95,B96,B98,B99,C1,C12,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C27,C29,C3,C32,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C43,C44,C46,C47,C48,C5,C52,C53,C55,C56,C59,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C83,C84,C86,C87,D10,D2,D3,D4,D7,D8,D9
Chr1:52735100 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 22 B107,B108,B110,B111,B117,B119,B122,B125,B3,B4,B47,B50,B72,B74,B88,C39,C49,C60,C61,C73,C81,D9
Chr1:52735104 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 31 B107,B108,B109,B110,B111,B117,B119,B122,B125,B128,B136,B3,B39,B4,B47,B50,B72,B74,B88,B89,C11,C36,C39,C49,C60,C61,C63,C72,C73,C81,D9
Chr1:52735206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B136,B50,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793279.1
952 aa
N
1
476
952
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 33-72 aa PF00560 LRR_1 125-147 aa PF00560 LRR_1 281-298 aa PF00560 LRR_1 304-326 aa PF00560 LRR_1 354-374 aa PF00560 LRR_1 382-401 aa PF00560 LRR_1 429-451 aa PF00560 LRR_1 591-611 aa PF00560 LRR_1 655-674 aa PF00560 LRR_1 725-747 aa PF13855 LRR_8 795-854 aa PF00560 LRR_1 798-816 aa PF00560 LRR_1 819-838 aa PF00560 LRR_1 845-861 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793279.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 72 1.1e-10 42.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 125 147 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 281 298 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 304 326 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 354 374 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 382 401 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 429 451 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 591 611 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 655 674 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 725 747 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 795 854 1e-34 118.8 Leucine rich repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 798 816 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 819 838 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793279.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 845 861 2e-51 161.5 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937296.1
ATGGGCAGCTCAAATCCAACCATTAATGCAACTCTATCTTTCTTCCTTATTTTCTTGTCTCTCAAACTATGCAACTCCATTTTCTGCCCACAAATTGAAAAACACTCACTACTAAGCTTCAAGCAGTCCTTGCAAGACCCCTACCATCATCTCTCTTCATGGCATGATGATGATGGTGAAGTCAATTGTTGCAAATGGAATGGTGTAATCTGCAACAACTCAACTGGCCATGTTCATCAACTCCATCTCCATGGCTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009892
ATGGGCAGCTCAAATCCAACCATTAATGCAACTCTATCTTTCTTCCTTATTTTCTTGTCTCTCAAACTATGCAACTCCATTTTCTGCCCACAAATTGAAAAACACTCACTACTAAGCTTCAAGCAGTCCTTGCAAGACCCCTACCATCATCTCTCTTCATGGCATGATGATGATGGTGAAGTCAATTGTTGCAAATGGAATGGTGTAATCTGCAACAACTCAACTGGCCATGTTCATCAACTCCATCTCCATGGCTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793279.1
MGSSNPTINATLSFFLIFLSLKLCNSIFCPQIEKHSLLSFKQSLQDPYHHLSSWHDDDGEVNCCKWNGVICNNSTGHVHQLHLHGFNLSGQINPSLLNLTHLTRLDLSLNAFKQTIPPFIGSLTNLEHLNLSFAGFHGEIPHNIGNLSYLRSLDLAAFPNIVSAGHLNYYHSIHLAGYPVMEFAADVKHPNMLHVDSLEWLSRLSQLEHLNMNFVNLTKATNWAQVINKIPSLQNLHFQNCSLDYISPLNHLNNTSLTLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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