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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003424`

染色体: Chr01 坐标: 52908982-52910795 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003424`
名称	SmilChr01G003424
描述	uncharacterized SmilChr01G003424
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	52908982 - 52910795 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993022`
GeneID	`130993022`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993022`
原始查询	`SmilChr01G003424`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G21280` (AT1G21280) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724] identity=26.4; qcov=0.593; evalue=2.43e-12; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13961 (DUF4219); PF14244 (Retrotran_gag_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993022

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057773729.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057773729.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057773729.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057773729.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773729.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:52909806`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr1:52909970`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,C26,C36
`Chr1:52910155`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C42,C43,C80
`Chr1:52910163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C37
`Chr1:52910190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C59,D2
`Chr1:52910558`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D3
`Chr1:52910558`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773729.1

307 aa

154

307

Retrotran_gag_3

DUF4219

PF14244 Retrotran_gag_3 4-48 aa PF13961 DUF4219 16-42 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773729.1`	Pfam	`PF14244`	Retrotran_gag_3	Domain	4	48	2.4e-14	53.6	Gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057773729.1`	Pfam	`PF13961`	DUF4219	Domain	16	42	4.3e-06	27.0	Domain of unknown function (DUF4219)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917746.1
ATATTTGGTATTTTCTTGAAAATTGCTTCGATATTTGATTTTTGTTGGTTGGTGATTGACATTGTTGTTGGTGATCTTGCTTGGTGTTCTGTTGAAGATTTGTTGGTTTTGGGATTGTCTGTTCTTATTTGGTTTTGAAACTTATTTGGTGGTGTTATTTGCTACTTGTTTCATCATTATGACTTCCGAAAGAGATGACTCGCTTCAGTCTATTAATGTTCGTTTGAATGGGAAAAATTATTCTTATTGGAGTTATGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993022
ATGACTTCCGAAAGAGATGACTCGCTTCAGTCTATTAATGTTCGTTTGAATGGGAAAAATTATTCTTATTGGAGTTATGTCATGAAGAATTTTTTGAGAGGTAAAAAATTATGGGGTTATGTGTCTGGCACACATTGTAAACCGATTGAGGAGAATAATGCTAAATATGTTGAGGAGCTTGACTCTTGGGAAGTTTGTAATTCGAAAATTATTACTTGGATAAATAACTCTGTTGAAAACTCCATTGACATGCAACTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773729.1
MTSERDDSLQSINVRLNGKNYSYWSYVMKNFLRGKKLWGYVSGTHCKPIEENNAKYVEELDSWEVCNSKIITWINNSVENSIDMQLAKYDTAKEVCEHLGKLYTQSNFARQYQLEMDIRSLNQRDMSIQEFYTSMTDLWDQLALTESIQLKAFAPYIARREEQRLVQFLMALRDDFEGLRGNILHRNPLPLWILLLVNFLLRKFDISQEQLKAPIQHSLNLYWLLTLVLNKEAMEDLRAIIRIRIQSLIRAFATTASSLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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