Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003450`

染色体: Chr01 坐标: 53056738-53064003 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003450`
名称	SmilChr01G003450
描述	uncharacterized SmilChr01G003450
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	53056738 - 53064003 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992195`
GeneID	`130992195`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992195`
原始查询	`SmilChr01G003450`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Prolyl oligopeptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843946]; symbol=AT1G76140; hit=AT1G76140; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Prolyl oligopeptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843946]; symbol=AT1G76140; hit=AT1G76140; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G76140` (AT1G76140) Prolyl oligopeptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843946] identity=68.6; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0108200` (OsPOP1) - identity=65.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006508 (proteolysis); GO:0070012 (oligopeptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00326 (Peptidase_S9); PF02897 (Peptidase_S9_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992195

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057772730.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057772730.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772730.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772730.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772730.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:53056915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:53057090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr1:53057099`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C20
`Chr1:53057196`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C20
`Chr1:53057241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,C25
`Chr1:53058396`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C60
`Chr1:53058396`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C60
`Chr1:53060018`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr1:53060076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B83,C59
`Chr1:53060201`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C47
`Chr1:53060201`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C47
`Chr1:53060235`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772730.1

723 aa

362

723

Peptidase_S9_N

Peptidase_S9

PF02897 Peptidase_S9_N 14-430 aa PF00326 Peptidase_S9 498-718 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772730.1`	Pfam	`PF02897`	Peptidase_S9_N	Repeat	14	430	3.5e-124	415.4	Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain
`XP_057772730.1`	Pfam	`PF00326`	Peptidase_S9	Domain	498	718	8.1e-59	199.4	Prolyl oligopeptidase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916747.1
ACGGTCATCAATTTCCTTTAATTTTATCATATTTTCTCTCTTCTTCATCGACAAATTCAAGCAATGGGATCGCTGCCCGCCTCCGACGACCTACTACACTATCCGGCCGCTCGTCGTGATGACTCCGTCGTCGACTACTACCACGGTGTCGCGGTCCACGATCCTTATCGATGGCTGGAAGATCCTGATAGTGAGGAGACGAAGGAATTTGTGGAAAAGCAGATGAAATTGACGGATTTTATGCTTTCAAGATGCGAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992195
ATGGGATCGCTGCCCGCCTCCGACGACCTACTACACTATCCGGCCGCTCGTCGTGATGACTCCGTCGTCGACTACTACCACGGTGTCGCGGTCCACGATCCTTATCGATGGCTGGAAGATCCTGATAGTGAGGAGACGAAGGAATTTGTGGAAAAGCAGATGAAATTGACGGATTTTATGCTTTCAAGATGCGAAACAAGAGAAAAACTTGGTGAAAAGCTGAGAAAAGTGTATGATTTCCCAAGATATGATGCTCCATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772730.1
MGSLPASDDLLHYPAARRDDSVVDYYHGVAVHDPYRWLEDPDSEETKEFVEKQMKLTDFMLSRCETREKLGEKLRKVYDFPRYDAPFRAGDKYFYFHNSGLQPQRVLYIQDNVDGEAEVLLDPNTFSEDGTVALNGIQVSVDAKYLAYGITCSGSDWVTIKVMQIQDNIILPDTLSWVKFSDISWTHDSKGFFYSRYPAPVDGEKLDAGTETDANVNHQVFYHFVGSDQCEDILCWSDPHNPKHTRSASVTEDGKYVLLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器