Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003454`

染色体: Chr01 坐标: 53119356-53121561 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003454`
名称	SmilChr01G003454
描述	uncharacterized SmilChr01G003454
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	53119356 - 53121561 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993184`
GeneID	`130993184`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993184`
原始查询	`SmilChr01G003454`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsDNLZ1; symbol=OsDNLZ1; hit=Os06g0724400; species=rice; confidence=high
产物	OsDNLZ1; symbol=OsDNLZ1; hit=Os06g0724400; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G27280` (AT5G27280) Zim17-type zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832786] identity=57.5; qcov=0.93; evalue=4.04e-70; confidence=high
Rice	`Os06g0724400` (OsDNLZ1) - identity=57.9; qcov=1; evalue=1.29e-75; confidence=high
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006457 (protein folding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix); GO:0050821 (protein stabilization); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG	-
Pfam	PF05180 (zf-DNL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993184

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057773949.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057773949.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773949.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773949.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773949.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:53119889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr1:53120676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr1:53120678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B47,C16,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773949.1

215 aa

108

215

zf-DNL

PF05180 zf-DNL 132-181 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773949.1`	Pfam	`PF05180`	zf-DNL	Domain	132	181	1.2e-16	61.0	DNL zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917966.1
TCAAATGAGGCCCAAATTAAGCCCATGAAGCCCAACATTGCCCAGATCCACTAATCATGTCTCTATCACAATGCCAATATTCCAAAATTGTAACAAAAAATCTCTCAAAAAATCAGCTTCAATCTCCGATCTTCTACAAAGTCGGCCATCGGCCACCTCGCCACTGTATATAACTCTCAAACCCAGTTCATTTCACTTTTTCAATCTTCGATTTCTCCCTCACAAATTCCCAGCTCAAAGAAAATCATAGTAGCGTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993184
ATGGAGGCCCTCTCCACCACAACCGCCGCCGCCGCCGCAGTAACGCTACCGATGTTCTCCCCTGATAAATTCAGAGACCCTTCTTCCCGGAGACTTGTGCGCTTCTCCACCTCCGCCAAAAGTGATAGAAATAGCCGTAACGGTAACGGCGAGCCCGATCTCAAGCCCGATTCTTCCGCCTCCGGACTCGTTCCGATCCTGAGTAATCACACGCTTTCAAAGGATGCGGCGATGGGGCTGGTTCTGAGCGCGGCCAATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773949.1
MEALSTTTAAAAAVTLPMFSPDKFRDPSSRRLVRFSTSAKSDRNSRNGNGEPDLKPDSSASGLVPILSNHTLSKDAAMGLVLSAANVRGWTTGSGMEGPSSPTGSGHNSGMERVSTFPWSLFTKSPRRRMRVAFTCNVCGQRTTRAINPHAYTDGTVFVQCCGCNVFHKLVDNLNLFHEMKCYVDPSFNPNPIDGMSFKFLDMDEGKDDDIFPLI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器