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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003461

染色体: Chr01 坐标: 53191905-53193008 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003461
名称SmilChr01G003461
描述uncharacterized protein At1g76070-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向53191905 - 53193008 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993124
GeneID130993124
locus_tag-
NCBI NameLOC130993124
原始查询SmilChr01G003461

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843939]; symbol=AT1G76070; hit=AT1G76070; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843939]; symbol=AT1G76070; hit=AT1G76070; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G76070 (AT1G76070)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843939]
identity=35.7; qcov=1.08; evalue=2.23e-26; confidence=medium
RiceOs09g0542900
-
identity=41; qcov=0.349; evalue=6.28e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF30939 (At1g76070)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993124

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057773866.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057773866.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057773866.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773866.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773866.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:53192244 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr1:53192244 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C14
Chr1:53192247 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr1:53192247 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773866.1
238 aa
N
1
119
238
At1g76070
C
PF30939 At1g76070 1-236 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773866.1 Pfam PF30939 At1g76070 Family 1 236 7.3e-66 223.3 Syringolide-induced protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917883.1
AGTTACCTTTTACACCTCCTAAACAGACAAGTCAAATTTAGAACCCTAATTCCATTATCTCGTCTGCTCATGTATACACACTCACACACACACCCGCATGTATATGTGTGTGTTTTCATATTTTGCACACACACATATATATACACACACACATACATATTGAGATAGAAAAAAGAGAAGTAGTGTGTAAATGGAGAAGGCAAACAATCATAAGCTGAGAAACAAGATTTTGAAGCTTCTGCCAAAGGCGATTTCATTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993124
ATGGAGAAGGCAAACAATCATAAGCTGAGAAACAAGATTTTGAAGCTTCTGCCAAAGGCGATTTCATTCCAAAACATCCCTTTCAGCCCGCGCCGCGACAGCCGGCCCGATGCCGCCGCGCACAGCCGGCCCAGAGCCCATCACAACAAGGCCTTCTCCGGCCCGATGATCCCGGCCGAGGCCCGGCGCAAGCTCAAGAGCCGCGAGACGTTCTCGCAAGAGCCCACCTCTCCGAAGGTCTCGTGCACGGGCCGGGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773866.1
MEKANNHKLRNKILKLLPKAISFQNIPFSPRRDSRPDAAAHSRPRAHHNKAFSGPMIPAEARRKLKSRETFSQEPTSPKVSCTGRVKHRGRISEKKKKPVSLPKEFKPVAEGPGPKKKAGIKKFLAGGRKCAEQANDRAGPGDGSAAPSLGHMRRFASSREAFANFDWTAAQIAPGDCSDDERGYSDGDEEEEECRIPFSAPMMMMAGGGDLEPKKEINLWKRRTMAQPRSLELNMDE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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