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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003475

染色体: Chr01 坐标: 53303415-53305304 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003475
名称SmilChr01G003475
描述uncharacterized SmilChr01G003475
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向53303415 - 53305304 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992837
GeneID130992837
locus_tag-
NCBI NameLOC130992837
原始查询SmilChr01G003475

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844011]; symbol=AT1G76770; hit=AT1G76770; species=arabidopsis; confidence=low
产物HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844011]; symbol=AT1G76770; hit=AT1G76770; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G76770 (AT1G76770)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844011]
identity=59.1; qcov=0.352; evalue=3.11e-43; confidence=low
RiceOs12g0165200
-
identity=27.7; qcov=0.269; evalue=8.7e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF00011 (HSP20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992837

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057773584.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057773584.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057773584.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773584.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773584.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:53303744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C41
Chr1:53303779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr1:53303805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr1:53304023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr1:53304029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C25
Chr1:53304261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr1:53304281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:53304282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B92
Chr1:53304308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr1:53304332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C28
Chr1:53304400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:53304411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773584.1
375 aa
N
1
188
375
HSP20
C
PF00011 HSP20 34-129 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773584.1 Pfam PF00011 HSP20 Domain 34 129 8.3e-07 29.8 Hsp20/alpha crystallin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917601.1
TATTATTATTATGTAAAAACCCCACGAGTAAACCATGAAATAAGATGTTGCACAAAACGTGTCAACTATGTTTGAACATAGCCTCCCGCCAAGGACACGGCGGCATTTTTTTTCACAAAACTAAACGAAGCAAAGCATATATTCTTTGCCCTCTTACACCAATTCCTTCCTTGATAAATCAACACTGCCATATTTCCTGACTTTTCCCAATTCATTCATCCAAAAATTTGTCCCAAAATTCATTAAAAAATATGGAGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992837
ATGGAGCTCGAATTAGGACTCAAGTTAACGAGTGTCACCGACGAGTTCACCTCGGATTTTCGGATAGCAAAAGACCGCGCCAGCCCCGTCTTCGTGTCTAGAGAAACAGATTCCATGTTCTTCCTCACTGCTCATCTCAGAGGTTATAAGAGAAGGAACATAAAGATCGACATAAACGAGGACGGGAGCTTGATCGGAATAGGCGGCGAAAAGCAGGTGCAAGAAACGGTAATGGTGGGGTGGAAAGTTTACAAGAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773584.1
MELELGLKLTSVTDEFTSDFRIAKDRASPVFVSRETDSMFFLTAHLRGYKRRNIKIDINEDGSLIGIGGEKQVQETVMVGWKVYKKEGEIKGFKKVFRIPQGVILDKIKAKFNNDESTLSITMPKKEKGIRVGTAIEEVEDKPELVRAGSGSLQIADEKSPKAETSNLEMDEKSKARIGENEAVDQAPSNSGEAKPEEEKHQEKPEEEKHQEKPVSAHDFKDGKVDHVEADTCREDEEKQRNTDDVRGITEPKEHEEKDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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