当前解析结果
SmilChr01G003482| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003482 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003482 |
| 描述 | protein SET DOMAIN GROUP 41-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 53373842 - 53376928 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992241 |
|---|---|
| GeneID | 130992241 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992241 |
| 原始查询 | SmilChr01G003482 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SET DOMAIN GROUP 41-like |
| 产物 | protein SET DOMAIN GROUP 41-like |
| Arabidopsis | AT1G43245 (AT1G43245)SET domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840925] identity=30.4; qcov=1.01; evalue=5.86e-85; confidence=low |
| Rice | Os04g0423600 (OsSET18)- identity=31.2; qcov=1.04; evalue=8.27e-72; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00856 (SET) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992241 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772780.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772780.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772780.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772780.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057772780.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:53373847 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B47,B90,C16 |
Chr1:53374242 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr1:53376773 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr1:53376801 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 16 | B117,B125,B135,B17,B37,B47,B62,B74,B89,B90,B92,C16,C45,C65,D11,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772780.1PF00856
SET 214-303 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772780.1 |
Pfam | PF00856 |
SET | Family | 214 | 303 | 1e-05 | 26.6 | SET domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。