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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003495

染色体: Chr01 坐标: 53550772-53554084 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003495
名称SmilChr01G003495
描述uncharacterized SmilChr01G003495
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向53550772 - 53554084 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993167
GeneID130993167
locus_tag-
NCBI NameLOC130993167
原始查询SmilChr01G003495

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Low affinity potassium transport system protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838885]; symbol=AT1G22790; hit=AT1G22790; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Low affinity potassium transport system protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838885]; symbol=AT1G22790; hit=AT1G22790; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G22790 (AT1G22790)
Low affinity potassium transport system protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838885]
identity=48.3; qcov=1.03; evalue=6.27e-50; confidence=medium
RiceOs01g0589700
-
identity=47.7; qcov=0.99; evalue=1.84e-46; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993167

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773930.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057773930.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057773938.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773930.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773930.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:53552399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B80,C6
Chr1:53552531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B37,C20
Chr1:53552636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917947.1
AAGCGGACCCGTCGCTATCATGCGCCACAGGGTCACTGTCACATATTTTGCGCCTCCAACTTTCTCTCTTTTTCCTATTTCCATTTATCATCTCACAGTGCTGCAATTTTTTACTTCTTTCACTTCATTTCATCCTATCCAACAAACTCTCGCAACTCTCTTACCTCATGCGGATTAATACTTGAATAATTTGAGCTTTTTATTCCTATTTAATCATTTTCCGAGCTCTAATTTGCGTCCTTTAATTTCTACTTCGGGAA...
XM_057917955.1
CTGTCACATATTTTGCGCCTCCAACTTTCTCTCTTTTTCCTATTTCCATTTATCATCTCACAGTGCTGCAATTTTTTACTTCTTTCACTTCATTTCATCCTATCCAACAAACTCTCGCAACTCTCTTACCTCATGCGGATTAATACTTGAATAATTTGAGCTTTTTATTCCTATTTAATCATTTTCCGAGCTCTAATTTGCGTCCTTTAATTTCTACTTCGGGAAATTCGTAACCAATCGGAGATGCAGTTCTCAGGCCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130993167
ATGTTATTTGCAGTAGAAGGAGGAGGGTTCTTCTCTTCTTCAGCGTCTGGTTACAGTAAGGGCCTGACCCTTCTTCTATTGGGTCAGAAAAACGAAGAGAAACCCATGAAAGTGACACCGTGGAATCAGTACCAGTTGGTGGACCAAGAGACTGATCCTGATCTCCAGCTGGCTTCTGGGAAGAACCACCCTGTCCGCGGGTGTGCCTCCTTTGTTTGTTTTGGTTGCACTGCTGCTGGACTCGAGAGCCCATCTCCTCT...
LOC130993167
ATGTTATTTGCAGTAGAAGGAGGAGGGTTCTTCTCTTCTTCAGCGTCTGGTTACAGTAAGGGCCTGACCCTTCTTCTATTGGGTCAGAAAAACGAAGAGAAACCCATGAAAGTGACACCGTGGAATCAGTACCAGTTGGTGGACCAAGAGACTGATCCTGATCTCCAGCTGGCTTCTGGGAAGAACCACCCTGTCCGCGGGTGTGCCTCCTTTGTTTGTTTTGGTTGCACTGCTGCTGGACTCGAGAGCCCATCTCCTCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773930.1
MLFAVEGGGFFSSSASGYSKGLTLLLLGQKNEEKPMKVTPWNQYQLVDQETDPDLQLASGKNHPVRGCASFVCFGCTAAGLESPSPLKVGPTQNKETSPPPTINEDNDSKNLDGCVVVDDDSKRDVVSLKSSLKKAANIGAIASTDGGNGGGKNNAHETLYEENDDVACQMGRRKVQWTDTIGGELFEIREFEMSEDGSDNDFNHGNEKTCSCRIM
XP_057773938.1
MLFAVEGGGFFSSSASGYSKGLTLLLLGQKNEEKPMKVTPWNQYQLVDQETDPDLQLASGKNHPVRGCASFVCFGCTAAGLESPSPLKVGPTQNKETSPPPTINEDNDSKNLDGCVVVDDDSKRDVVSLKSSLKKAANIGAIASTDGGNGGGKNNAHETLYEENDDVACQMGRRKVQWTDTIGGELFEIREFEMSFM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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