当前解析结果
SmilChr01G003496| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003496 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003496 |
| 描述 | stemmadenine O-acetyltransferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 53566328 - 53569484 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992620 |
|---|---|
| GeneID | 130992620 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992620 |
| 原始查询 | SmilChr01G003496 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | stemmadenine O-acetyltransferase-like |
| 产物 | stemmadenine O-acetyltransferase-like |
| Arabidopsis | AT3G26040 (AT3G26040)HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822201] identity=34.3; qcov=1.01; evalue=1.34e-71; confidence=low |
| Rice | Os02g0611800 (OsHCT2)- identity=26.6; qcov=1.05; evalue=2.85e-28; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02458 (Transferase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992620 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057773320.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057773320.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057773320.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773320.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773320.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:53566573 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,C48 |
Chr1:53566633 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr1:53566657 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr1:53566812 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B89,C45 |
Chr1:53566890 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,B32,B57 |
Chr1:53568833 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,C28 |
Chr1:53568842 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr1:53569006 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B128,B132,B15,B77 |
Chr1:53569360 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B90,B92 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773320.1PF02458
Transferase 4-425 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773320.1 |
Pfam | PF02458 |
Transferase | Family | 4 | 425 | 9.6e-71 | 239.4 | Transferase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。