Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003529`

染色体: Chr01 坐标: 53922415-53926705 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003529`
名称	SmilChr01G003529
描述	la-related protein 1B-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	53922415 - 53926705 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993901`
GeneID	`130993901`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993901`
原始查询	`SmilChr01G003529`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	la-related protein 1B-like
产物	la-related protein 1B-like
Arabidopsis	`AT4G35890` (LARP1c) winged-helix DNA-binding transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829743] identity=30.7; qcov=0.916; evalue=2.95e-38; confidence=low
Rice	`Os03g0156500` - identity=42.9; qcov=0.308; evalue=2.14e-33; confidence=low
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF05383 (La)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993901

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057774923.1`
2	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.80000	`XP_057774923.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.60000	`XP_057774923.1`
4	P-body	P-body	0.60000	`XP_057774923.1`
5	Stress granule	Stress granule	0.20000	`XP_057774923.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:53922881`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B41
`Chr1:53922896`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B64,B75,B82
`Chr1:53922933`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr1:53923194`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B56,B96
`Chr1:53923840`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr1:53923943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr1:53924024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr1:53924026`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr1:53924482`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C5,C54
`Chr1:53924489`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,A24,B113,B33,B76
`Chr1:53925814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr1:53925845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774923.1

545 aa

272

545

PF05383 La 387-442 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774923.1`	Pfam	`PF05383`	La	Domain	387	442	7.7e-22	77.7	La domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918940.1
AATAGCATTATTGTTAAGGGAATTGGGTCACCTCACCTGGCACCGGTATACAGCCCTCACCGCTCTCTCACACAACACACACTAAATACTCTACTTTAGAGAGAGAAAAAAAAGGTCTTGATCGCTGCACTTGGCGGCCGAAACCCTAATCTACGCTCCGATCACCACCTTATCATTCGTTGATTCTTATTCCAATTCGCCCTCTATTCTCAATCTATTTTGCTTCTTTCTGTGTCTTCCTTTAATGGTGTCGGACAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993901
ATGGTGTCGGACAGCTCGCCCCCTTCCGGAGACGCCGTCCCCAACGGCGGCGGGGTCAGCAGTCCCCAATCACGCCGGCGGAGCCTCCACTCTCCGTGGGCTTCGGTTGTCCGCGGAGATTCCGAGCAGAACTCCTCCCCCACTGCCGCCGCCGCGGCCACCTCGCCTGGTTCTTCGTCTTCTCCTCCGGCGGAGGAGGCTTCCGCCTTGGATAACTCTTTGATTGAGACTTCGGGCTCAGAACCCCACCCGGAAAACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774923.1
MVSDSSPPSGDAVPNGGGVSSPQSRRRSLHSPWASVVRGDSEQNSSPTAAAAATSPGSSSSPPAEEASALDNSLIETSGSEPHPENSENNGDSNAGGPRRPAWNRPLNGVAEPASVMGGAVSWPTLSETTRPVQRSSSDASRPVSDGSAPSSQVNAPIISQPPQRSAHSSAHGNHGNSGGNNPNPARIRRNHRGGSGGGGGGGGGGSSSGSGPSQGTFNQPSLPMPPPFPVFEVPFGMIPAVLDNSVRGPRPMGGVGASQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器