Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003545

染色体: Chr01 坐标: 54039767-54043050 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003545
名称SmilChr01G003545
描述uncharacterized SmilChr01G003545
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54039767 - 54043050 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010034
GeneID131010034
locus_tag-
NCBI NameLOC131010034
原始查询SmilChr01G003545

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0115500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0115500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G49010 (BBC1)
breast basic conserved 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824062]
identity=74.4; qcov=0.322; evalue=1.22e-09; confidence=low
RiceOs06g0115500
-
identity=71.8; qcov=0.322; evalue=2.76e-10; confidence=low
GO-
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010034

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057793415.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793415.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793415.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793415.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793415.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54042082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr1:54042086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A6,B28,C33
Chr1:54042094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,D2
Chr1:54042136 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A21,B126
Chr1:54042136 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 A21,B126
Chr1:54042137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,C12
Chr1:54042166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B72,C10,C63
Chr1:54042203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr1:54042213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B24,B80
Chr1:54042216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B21,B43,B61,C43
Chr1:54042222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr1:54042223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B126,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937432.1
ATGAATGACGCTGTCTCCCAAAATTCATCGTCTTCCTCTGAGCTCGAATCCCCGTCCACTGCCAGTGCTCCGACCGGTCTCGATTCTCTCAAAGCACCACGGGAACTCGCTCTTGCCCTACCTCTCGCCGTTGTCCGCGACTCCGGCTCCACCTATGCTCTGCCTGCTTACAGGCAGCAGTACAGAGCTAGGAGGAGCTCCCCGTCGTCCCCCTGCTCATCACCAAATGTTGAGCTTGTGAAGATCACACAAGACATGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010034
ATGAATGACGCTGTCTCCCAAAATTCATCGTCTTCCTCTGAGCTCGAATCCCCGTCCACTGCCAGTGCTCCGACCGGTCTCGATTCTCTCAAAGCACCACGGGAACTCGCTCTTGCCCTACCTCTCGCCGTTGTCCGCGACTCCGGCTCCACCTATGCTCTGCCTGCTTACAGGCAGCAGTACAGAGCTAGGAGGAGCTCCCCGTCGTCCCCCTGCTCATCACCAAATGTTGAGCTTGTGAAGATCACACAAGACATGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793415.1
MNDAVSQNSSSSSELESPSTASAPTGLDSLKAPRELALALPLAVVRDSGSTYALPAYRQQYRARRSSPSSPCSSPNVELVKITQDMKSFKAYDKLRLERTNARHVGVRAKRAAEAEKEDKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器