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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003551

染色体: Chr01 坐标: 54144109-54163838 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003551
名称SmilChr01G003551
描述uncharacterized SmilChr01G003551
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54144109 - 54163838 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993606
GeneID130993606
locus_tag-
NCBI NameLOC130993606
原始查询SmilChr01G003551

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述spatacsin carboxy-terminus protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830097]; symbol=AT4G39420; hit=AT4G39420; species=arabidopsis; confidence=high
产物spatacsin carboxy-terminus protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830097]; symbol=AT4G39420; hit=AT4G39420; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G39420 (AT4G39420)
spatacsin carboxy-terminus protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830097]
identity=53.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0182900
-
identity=70.9; qcov=0.102; evalue=3.43e-154; confidence=weak
GOGO:0005737 (cytoplasm)
KEGGsmil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF14649 (Spatacsin_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993606

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057774527.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057774527.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057774527.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057774527.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774527.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54144764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:54144853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr1:54144885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr1:54145034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr1:54145152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr1:54145158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B104,B106,C72
Chr1:54145161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:54145255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:54145435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:54145675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C3
Chr1:54145864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:54145972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B113,B33,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774527.1
3195 aa
N
1
1598
3195
Spatacsin_C
C
PF14649 Spatacsin_C 2813-3104 aa
XP_057774536.1
3195 aa
N
1
1598
3195
Spatacsin_C
C
PF14649 Spatacsin_C 2813-3104 aa
XP_057774546.1
3194 aa
N
1
1597
3194
Spatacsin_C
C
PF14649 Spatacsin_C 2812-3103 aa
XP_057774554.1
3194 aa
N
1
1597
3194
Spatacsin_C
C
PF14649 Spatacsin_C 2812-3103 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774527.1 Pfam PF14649 Spatacsin_C Family 2813 3104 1.9e-75 254.4 Spatacsin C-terminus
XP_057774536.1 Pfam PF14649 Spatacsin_C Family 2813 3104 1.9e-75 254.4 Spatacsin C-terminus
XP_057774546.1 Pfam PF14649 Spatacsin_C Family 2812 3103 1.9e-75 254.4 Spatacsin C-terminus
XP_057774554.1 Pfam PF14649 Spatacsin_C Family 2812 3103 1.9e-75 254.4 Spatacsin C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918553.1
TAATAAAATAAATCAAGACATCGTGCCCCCAAAAATTCCGAATTTCAATTTTCCGTTGTTCCAATCTCAGAAGCTGGCTGAGAAAAATCTAGATTGCATTTGCCTTGATGAAACCGATCATCTAGAACGTCGTCGTATCAGGGGTCTGTATGGATCTTGATTCCCGTCCAATTGAGGATGGTCTCCCAGTACTGCAGTTGAGGAAATGGGGCTCCTCTGAATTTCCATACAACCCTTCTAGTTTTCGCGAGGGTTTTATT...
XM_057918571.1
TAATAAAATAAATCAAGACATCGTGCCCCCAAAAATTCCGAATTTCAATTTTCCGTTGTTCCAATCTCAGAAGCTGGCTGAGAAAAATCTAGATTGCATTTGCCTTGATGAAACCGATCATCTAGAACGTCGTCGTATCAGGGGTCTGTATGGATCTTGATTCCCGTCCAATTGAGGATGGTCTCCCAGTACTGCAGTTGAGGAAATGGGGCTCCTCTGAATTTCCATACAACCCTTCTAGTTTTCGCGAGGGTTTTATT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130993606
ATGGATCTTGATTCCCGTCCAATTGAGGATGGTCTCCCAGTACTGCAGTTGAGGAAATGGGGCTCCTCTGAATTTCCATACAACCCTTCTAGTTTTCGCGAGGGTTTTATTTCTCCAACGAGAAAGTCGTTGTTGTTACTTTCTTATGATTCTGAGGCATTATGGTTTCCCTTAGTTAAAGCAGGTCGGTGTATAAACAAGAAAGATTCTGAAAATTCTTCTGATGGAACAGTTGCTGATCCACTAGAATCAAGTAAGCC...
LOC130993606
ATGGATCTTGATTCCCGTCCAATTGAGGATGGTCTCCCAGTACTGCAGTTGAGGAAATGGGGCTCCTCTGAATTTCCATACAACCCTTCTAGTTTTCGCGAGGGTTTTATTTCTCCAACGAGAAAGTCGTTGTTGTTACTTTCTTATGATTCTGAGGCATTATGGTTTCCCTTAGTTAAAGCAGGTCGGTGTATAAACAAGAAAGATTCTGAAAATTCTTCTGATGGAACAGTTGCTGATCCACTAGAATCAAGTAAGCC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057774527.1
MDLDSRPIEDGLPVLQLRKWGSSEFPYNPSSFREGFISPTRKSLLLLSYDSEALWFPLVKAGRCINKKDSENSSDGTVADPLESSKPSISCSRESNSGSSDSIELDGKTGYASGDSFQGSTGAFISDVDSVAWGLCGDTFDQHKEASFQELLFVSGKQGVVVHAFSKFGKFSGVIRPEQAKDVGQGKWMEWGPSTTLSPNVECQEEEESHHKTSRKSTSHVQAPAEDGRSASPKIWMQTFLTKVERVTSGGYIYTRFPKR...
XP_057774536.1
MDLDSRPIEDGLPVLQLRKWGSSEFPYNPSSFREGFISPTRKSLLLLSYDSEALWFPLVKAGRCINKKDSENSSDGTVADPLESSKPSISCSRESNSGSSDSIELDGKTGYASGDSFQGSTGAFISDVDSVAWGLCGDTFDQHKEASFQELLFVSGKQGVVVHAFSKFGKFSGVIRPEQAKDVGQGKWMEWGPSTTLSPNVECQEEEESHHKTSRKSTSHVQAPAEDGRSASPKIWMQTFLTKVERVTSGGYIYTRFPKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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