Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003552

染色体: Chr01 坐标: 54164657-54168994 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003552
名称SmilChr01G003552
描述S-adenosylmethionine carrier 1, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54164657 - 54168994 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994175
GeneID130994175
locus_tag-
NCBI NameLOC130994175
原始查询SmilChr01G003552

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述S-adenosylmethionine carrier 1, chloroplastic/mitochondrial
产物S-adenosylmethionine carrier 1%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT4G39460 (SAMC1)
S-adenosylmethionine carrier 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830101]
identity=81.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0361900
-
identity=80.1; qcov=0.889; evalue=2.02e-168; confidence=high
GOGO:0000095 (S-adenosyl-L-methionine transmembrane transporter activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994175

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057775193.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.60000 XP_057775193.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.60000 XP_057775193.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057775193.1
5 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057775193.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54164936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:54166567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr1:54167323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C44
Chr1:54167821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775193.1
323 aa
N
1
162
323
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 54-124 aa PF00153 Mito_carr 130-211 aa PF00153 Mito_carr 225-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775193.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 54 124 2.7e-59 197.6 Mitochondrial carrier protein
XP_057775193.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 130 211 2.7e-59 197.6 Mitochondrial carrier protein
XP_057775193.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 225 311 2.7e-59 197.6 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919210.1
AGATAAAATTGCATAATAGTGTAGCAAGAAATCGATGCTTATTTAAACTGTTATTATCCTCCCCTTTCTTGCTTCCCACTCCCTCACTCCATACAGCATCCGAGTTTTAGGTGCTGATGGCTCCGTTTACATTAGCTGTTGATGCAAAGAGCTCTTCTGCGTTTTCTTCAGAATCATCTAAGAGGATGCAAAACCTTCAGTTGGAACCGAAAAAGTTCTTTGCCTCAGTTAATGCGCAAGAAGAAAAGCCATTTGACTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994175
ATGGCTCCGTTTACATTAGCTGTTGATGCAAAGAGCTCTTCTGCGTTTTCTTCAGAATCATCTAAGAGGATGCAAAACCTTCAGTTGGAACCGAAAAAGTTCTTTGCCTCAGTTAATGCGCAAGAAGAAAAGCCATTTGACTTTTTGCGACTACTTTTTGAGGGTGTTATAGCTGGTGGCACAGCTGGTGTTGTAGTTGAAACAGCTTTATATCCTATCGATACAATAAAGACACGATTGCAGGCTGCACGGGGTGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775193.1
MAPFTLAVDAKSSSAFSSESSKRMQNLQLEPKKFFASVNAQEEKPFDFLRLLFEGVIAGGTAGVVVETALYPIDTIKTRLQAARGGGQIILKGLYSGLAGNLAGVLPASAVFVGVYEPAKQKLLRTFPENLSAVAHLTAGALGGMAASFIRVPTEVVKQRMQTGQFASAPNAVRMIVAKEGFKGLYAGYGSFLLRDLPFDAIQFCIYEQLRLGYKLAAKRDLKDAENAVIGAFAGALTGAITTPLDVIKTRLMVQGSANQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器