当前解析结果
SmilChr01G003552| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003552 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003552 |
| 描述 | S-adenosylmethionine carrier 1, chloroplastic/mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 54164657 - 54168994 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994175 |
|---|---|
| GeneID | 130994175 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994175 |
| 原始查询 | SmilChr01G003552 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | S-adenosylmethionine carrier 1, chloroplastic/mitochondrial |
| 产物 | S-adenosylmethionine carrier 1%2C chloroplastic/mitochondrial |
| Arabidopsis | AT4G39460 (SAMC1)S-adenosylmethionine carrier 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830101] identity=81.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0361900- identity=80.1; qcov=0.889; evalue=2.02e-168; confidence=high |
| GO | GO:0000095 (S-adenosyl-L-methionine transmembrane transporter activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00153 (Mito_carr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994175 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.60000 | XP_057775193.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.60000 | XP_057775193.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.60000 | XP_057775193.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.60000 | XP_057775193.1 |
| 5 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.40000 | XP_057775193.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:54164936 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr1:54166567 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C62 |
Chr1:54167323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B86,C44 |
Chr1:54167821 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775193.1PF00153
Mito_carr 54-124 aa
PF00153
Mito_carr 130-211 aa
PF00153
Mito_carr 225-311 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775193.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 54 | 124 | 2.7e-59 | 197.6 | Mitochondrial carrier protein |
XP_057775193.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 130 | 211 | 2.7e-59 | 197.6 | Mitochondrial carrier protein |
XP_057775193.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 225 | 311 | 2.7e-59 | 197.6 | Mitochondrial carrier protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。