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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003558

染色体: Chr01 坐标: 54196055-54198940 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003558
名称SmilChr01G003558
描述probable WRKY transcription factor 51
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54196055 - 54198940 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994349
GeneID130994349
locus_tag-
NCBI NameLOC130994349
原始查询SmilChr01G003558

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable WRKY transcription factor 51
产物probable WRKY transcription factor 51
ArabidopsisAT5G64810 (WRKY51)
WRKY DNA-binding protein 51 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836602]
identity=71.8; qcov=0.404; evalue=2.96e-36; confidence=low
RiceOs01g0186000 (OsWRKY10)
-
identity=57.9; qcov=0.492; evalue=8.07e-38; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF03106 (WRKY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994349

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775382.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775382.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775382.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775382.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775382.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54196155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr1:54196218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr1:54196219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:54196236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B112,B86,C44,D11
Chr1:54198720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:54198756 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 108 A1,A14,A18,A2,A21,A25,A4,A7,A9,B103,B104,B105,B107,B11,B113,B114,B118,B121,B122,B123,B124,B130,B131,B133,B134,B136,B139,B14,B140,B19,B23,B25,B26,B28,B3,B32,B33,B36,B37,B40,B46,B53,B55,B56,B59,B6,B66,B68,B69,B7,B73,B75,B78,B79,B83,B84,B85,B89,B91,B93,B96,B99,C10,C15,C18,C19,C2,C22,C25,C26,C27,C29,C3,C32,C35,C37,C38,C39,C4,C42,C45,C46,C48,C54,C57,C59,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C72,C74,C75,C76,C8,C82,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D2,D4,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775382.1
193 aa
N
1
96
193
WRKY
C
PF03106 WRKY 120-177 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775382.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 120 177 2e-24 86.3 WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919399.1
ACATTTTCCACAATACCATTTTTCTTATCATCAAAATGTTCTTCAACTTCAATTTTGATTCAGCAATAGACGCTGGTATCAACCCTCAATTTCAAAAGTCCCATAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAATTTTGATGAAGTTGTGCACGACATCCTTCATCTCGATGACCAAATCTATTTCAAAGATGTTTCGGATTACCTCATGTCCGAGGAAAATCCGGAAGAAACAGATCTATCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994349
ATGTTCTTCAACTTCAATTTTGATTCAGCAATAGACGCTGGTATCAACCCTCAATTTCAAAAGTCCCATAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAATTTTGATGAAGTTGTGCACGACATCCTTCATCTCGATGACCAAATCTATTTCAAAGATGTTTCGGATTACCTCATGTCCGAGGAAAATCCGGAAGAAACAGATCTATCTCAAAATAAAAGTATTTACGATGAATCTTCAAGTTCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775382.1
MFFNFNFDSAIDAGINPQFQKSHNPNPNPNPNPNPNPNFDEVVHDILHLDDQIYFKDVSDYLMSEENPEETDLSQNKSIYDESSSSIGNKEYRRIVKNYNKEKQDFRVAFRTKSKLEIMDDGFKWRKYGKKKVKSSPNPRNYFKCSNGECSVKKRVERDANDSRFVITTYEGVHNHESPTCVLYCNPKSFLFD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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