当前解析结果
SmilChr01G003558| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003558 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003558 |
| 描述 | probable WRKY transcription factor 51 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 54196055 - 54198940 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994349 |
|---|---|
| GeneID | 130994349 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994349 |
| 原始查询 | SmilChr01G003558 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable WRKY transcription factor 51 |
| 产物 | probable WRKY transcription factor 51 |
| Arabidopsis | AT5G64810 (WRKY51)WRKY DNA-binding protein 51 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836602] identity=71.8; qcov=0.404; evalue=2.96e-36; confidence=low |
| Rice | Os01g0186000 (OsWRKY10)- identity=57.9; qcov=0.492; evalue=8.07e-38; confidence=medium |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03106 (WRKY) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994349 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775382.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775382.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775382.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775382.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057775382.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:54196155 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr1:54196218 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr1:54196219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:54196236 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B112,B86,C44,D11 |
Chr1:54198720 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:54198756 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 108 | A1,A14,A18,A2,A21,A25,A4,A7,A9,B103,B104,B105,B107,B11,B113,B114,B118,B121,B122,B123,B124,B130,B131,B133,B134,B136,B139,B14,B140,B19,B23,B25,B26,B28,B3,B32,B33,B36,B37,B40,B46,B53,B55,B56,B59,B6,B66,B68,B69,B7,B73,B75,B78,B79,B83,B84,B85,B89,B91,B93,B96,B99,C10,C15,C18,C19,C2,C22,C25,C26,C27,C29,C3,C32,C35,C37,C38,C39,C4,C42,C45,C46,C48,C54,C57,C59,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C72,C74,C75,C76,C8,C82,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D2,D4,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775382.1PF03106
WRKY 120-177 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775382.1 |
Pfam | PF03106 |
WRKY | Domain | 120 | 177 | 2e-24 | 86.3 | WRKY DNA -binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。