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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003560

染色体: Chr01 坐标: 54203024-54206887 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003560
名称SmilChr01G003560
描述SH3 domain-containing protein C23A1.17-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54203024 - 54206887 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994272
GeneID130994272
locus_tag-
NCBI NameLOC130994272
原始查询SmilChr01G003560

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述SH3 domain-containing protein C23A1.17-like
产物SH3 domain-containing protein C23A1.17-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994272

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775303.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057775303.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775300.1
4 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057775303.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775303.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54203703 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 75 A1,A18,A2,A21,A4,B103,B104,B105,B107,B113,B114,B118,B121,B122,B123,B124,B130,B131,B136,B14,B140,B25,B26,B3,B32,B33,B46,B56,B6,B66,B73,B75,B78,B79,B81,B83,B84,B85,B89,B96,B99,C15,C19,C2,C25,C26,C27,C29,C3,C32,C35,C37,C38,C39,C46,C48,C52,C54,C59,C63,C65,C67,C68,C74,C75,C76,C8,C82,C83,C84,C85,C86,D10,D2,D7
Chr1:54203710 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 75 A1,A18,A2,A21,A4,B103,B104,B105,B107,B113,B114,B118,B121,B122,B123,B124,B130,B131,B136,B14,B140,B25,B26,B3,B32,B33,B46,B56,B6,B66,B73,B75,B78,B79,B81,B83,B84,B85,B89,B96,B99,C15,C19,C2,C25,C26,C27,C29,C3,C32,C35,C37,C38,C39,C46,C48,C52,C54,C59,C63,C65,C67,C68,C74,C75,C76,C8,C82,C83,C84,C85,C86,D10,D2,D7
Chr1:54203785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,C38,C75,C76,C83
Chr1:54203929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B40,C17,C81,D4
Chr1:54204299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A4,B46,C2,C68
Chr1:54204314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B128,B137,B15
Chr1:54204429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:54206657 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 18 A1,A16,A22,B124,B132,B133,B20,B23,B27,B33,B46,B52,B88,C31,C47,C51,C67,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919317.1
AAAAAAAAACTAAAAACGAATTTTCTATTCTTAAATCTTGGCCCGTATCTCTCAACCTTCAAAGCTATAAAGTAGACTTTTCTCTTTTCAAAGTTATAAACCCTACATTTATATATACATACATACACACAATCAGACCTCTCAACATTCAAAGCTATAAACCCTACATTTATATATACATACATACAATCAGACAATTGGAGGGTGCTATGATTTCCATATATATATATGCATACGCAGAATCAGACAATTGGAGGGTG...
XM_057919325.1
TATTCTTAAATCTTGGCCCGTATCTCTCAACCTTCAAAGCTATAAAGTAGACTTTTCTCTTTTCAAAGTTATAAACCCTACATTTATATATACATACATACACACAATCAGACCTCTCAACATTCAAAGCTATAAACCCTACATTTATATATACATACATACAATCAGACAATTGGAGGGTGCTATGATTTCCATATATATATATGCATACGCAGAATCAGACAATTGGAGGGTGCTATGGAATCTTATGCAATTGGAGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130994272
ATGCATACGCAGAATCAGACAATTGGAGGGTGCTATGGAATCTTATGCAATTGGAGGCTGCTATGCATGAAGGAAAGTAATTCAACAATGGCACCTCCAAAGGGGAAATCAAAGAAGACTGGGAACTCGAGAGGAACGACGTCTTTGAACCCAGGAGCACCAGCATATACACCTACTCCCAACCACCCGAGACCACCACCAATGCCTACGCCTGCTGTGAACCACCCGAGACCACCACCAACGCCTACGCCTGCTGTGAA...
LOC130994272
ATGGCACCTCCAAAGGGGAAATCAAAGAAGACTGGGAACTCGAGAGGAACGACGTCTTTGAACCCAGGAGCACCAGCATATACACCTACTCCCAACCACCCGAGACCACCACCAATGCCTACGCCTGCTGTGAACCACCCGAGACCACCACCAACGCCTACGCCTGCTGTGAACCACCCGAGAGCACCACCAATGCCTACTCCTGCTGCGAACGTGAGAGCACCACCAACGCCTACGCCTGCTGCGAACGTGAGAGCACC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057775300.1
MHTQNQTIGGCYGILCNWRLLCMKESNSTMAPPKGKSKKTGNSRGTTSLNPGAPAYTPTPNHPRPPPMPTPAVNHPRPPPTPTPAVNHPRAPPMPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAVNVRAPPMPTPAVNVRAPPKPTPAVNVRAPPPPLPPPAVNVRAPPMPTPAVNPRAPTPPTPAVNLSQMGEWSPLSDGIGSSDPLGGLSEQ...
XP_057775303.1
MAPPKGKSKKTGNSRGTTSLNPGAPAYTPTPNHPRPPPMPTPAVNHPRPPPTPTPAVNHPRAPPMPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAANVRAPPTPTPAVNVRAPPMPTPAVNVRAPPKPTPAVNVRAPPPPLPPPAVNVRAPPMPTPAVNPRAPTPPTPAVNLSQMGEWSPLSDGIGSSDPLGGLSEQEMNRLVEAALYGTTKTSLPGKLCGKKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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