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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003563

染色体: Chr01 坐标: 54224244-54226701 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003563
名称SmilChr01G003563
描述F-box/kelch-repeat protein SKIP6
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54224244 - 54226701 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994100
GeneID130994100
locus_tag-
NCBI NameLOC130994100
原始查询SmilChr01G003563

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein SKIP6
产物F-box/kelch-repeat protein SKIP6
ArabidopsisAT2G21950 (SKIP6)
SKP1 interacting partner 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816731]
identity=49.5; qcov=1.02; evalue=1.36e-115; confidence=high
RiceOs07g0673700 (OsFbox400)
-
identity=37.4; qcov=1.05; evalue=3.78e-61; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF01344 (Kelch_1); PF07646 (Kelch_2); PF25210 (Kelch_FKB95)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994100

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775120.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057775120.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775120.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775120.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775120.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54225795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B89,C25,C29,C86
Chr1:54225873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B80
Chr1:54226104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:54226162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr1:54226283 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 45 A10,A2,A24,B101,B105,B106,B11,B115,B122,B130,B132,B135,B15,B2,B21,B26,B33,B46,B53,B58,B60,B61,B67,B76,B81,B88,B95,C1,C15,C38,C4,C43,C44,C58,C59,C64,C66,C67,C70,C71,C74,C80,C81,C82,D5
Chr1:54226331 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 42 A10,A2,A24,B101,B105,B106,B11,B115,B122,B130,B132,B135,B15,B2,B21,B26,B46,B53,B58,B60,B61,B67,B76,B81,B88,B95,C1,C15,C38,C4,C44,C58,C59,C64,C66,C67,C70,C71,C74,C80,C81,C82
Chr1:54226464 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B56
Chr1:54226464 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B56
Chr1:54226466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775120.1
364 aa
N
1
182
364
F-box
Kelch_FKB95
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_1
C
PF00646 F-box 23-64 aa PF25210 Kelch_FKB95 93-348 aa PF01344 Kelch_1 113-154 aa PF07646 Kelch_2 115-154 aa PF01344 Kelch_1 160-203 aa
XP_057775126.1
364 aa
N
1
182
364
F-box
Kelch_FKB95
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_1
C
PF00646 F-box 23-64 aa PF25210 Kelch_FKB95 93-348 aa PF01344 Kelch_1 113-154 aa PF07646 Kelch_2 115-154 aa PF01344 Kelch_1 160-203 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775120.1 Pfam PF00646 F-box Domain 23 64 2.9e-06 27.7 F-box domain
XP_057775120.1 Pfam PF25210 Kelch_FKB95 Repeat 93 348 1.1e-69 235.8 FKB95, Kelch-repeats domain
XP_057775120.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 113 154 1.5e-23 82.7 Kelch motif
XP_057775120.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 115 154 9.9e-12 44.9 Kelch motif
XP_057775120.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 160 203 1.5e-23 82.7 Kelch motif
XP_057775126.1 Pfam PF00646 F-box Domain 23 64 2.9e-06 27.7 F-box domain
XP_057775126.1 Pfam PF25210 Kelch_FKB95 Repeat 93 348 1.1e-69 235.8 FKB95, Kelch-repeats domain
XP_057775126.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 113 154 1.5e-23 82.7 Kelch motif
XP_057775126.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 115 154 9.9e-12 44.9 Kelch motif
XP_057775126.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 160 203 1.5e-23 82.7 Kelch motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919143.1
AAAAATCAATCCGAATGTAACGTCCCCCTCCCCAACTCCCCCAAAGTAAAAAAAAAAAATCTTTACAAAAAATACTCTCACACTCCCTCTCTCTCTCTCCGTCGCATCTTCAATGGCGGAGCAAACCGCCGCCGCCGCCAGTTCAGCAACCTCAGCTCCACCGCCTACACCGCCACTAATCCAGAACTTCCCGGACGATATCTCAATCCAAATCATTGCCAGAGTGCCGCGCTTCCGCCACCCCTTTCTCTCTCTAGTCT...
XM_057919137.1
AATCCGAATGTAACGTCCCCCTCCCCAACTCCCCCAAAGTAAAAAAAAAAAATCTTTACAAAAAATACTCTCACACTCCCTCTCTCTCTCTCCGTCGCATCTTCAATGGCGGAGCAAACCGCCGCCGCCGCCAGTTCAGCAACCTCAGCTCCACCGCCTACACCGCCACTAATCCAGAACTTCCCGGACGATATCTCAATCCAAATCATTGCCAGAGTGCCGCGCTTCCGCCACCCCTTTCTCTCTCTAGTCTCAAAACC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994100
ATGGCGGAGCAAACCGCCGCCGCCGCCAGTTCAGCAACCTCAGCTCCACCGCCTACACCGCCACTAATCCAGAACTTCCCGGACGATATCTCAATCCAAATCATTGCCAGAGTGCCGCGCTTCCGCCACCCCTTTCTCTCTCTAGTCTCAAAACCGTGGCACGCCGTCGTCAATTCGCCCGAGCTCTTCCGCACCCGATCCCTCCTCCGCACATCCCAATCCTCTCTCTACCTCAATCTCCGGATCAATTCTTCTTTCAA...
LOC130994100
ATGGCGGAGCAAACCGCCGCCGCCGCCAGTTCAGCAACCTCAGCTCCACCGCCTACACCGCCACTAATCCAGAACTTCCCGGACGATATCTCAATCCAAATCATTGCCAGAGTGCCGCGCTTCCGCCACCCCTTTCTCTCTCTAGTCTCAAAACCGTGGCACGCCGTCGTCAATTCGCCCGAGCTCTTCCGCACCCGATCCCTCCTCCGCACATCCCAATCCTCTCTCTACCTCAATCTCCGGATCAATTCTTCTTTCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775120.1
MAEQTAAAASSATSAPPPTPPLIQNFPDDISIQIIARVPRFRHPFLSLVSKPWHAVVNSPELFRTRSLLRTSQSSLYLNLRINSSFNWYSEQNPQNSKRSFTPIPSIPQHPVGSSILALGPKIYVIGGSISDIPSNNVWIFDCRSNNWEMGSRMRVAREFSAAGELNGKIYVMGGCNVDNWSRSINWAEVFDPETGLWAAIPSEIELRDKWMHASAMIGTRFYAMADRGGVVLDIGRGGWGNVPKRLDLGWRGRAAVVDN...
XP_057775126.1
MAEQTAAAASSATSAPPPTPPLIQNFPDDISIQIIARVPRFRHPFLSLVSKPWHAVVNSPELFRTRSLLRTSQSSLYLNLRINSSFNWYSEQNPQNSKRSFTPIPSIPQHPVGSSILALGPKIYVIGGSISDIPSNNVWIFDCRSNNWEMGSRMRVAREFSAAGELNGKIYVMGGCNVDNWSRSINWAEVFDPETGLWAAIPSEIELRDKWMHASAMIGTRFYAMADRGGVVLDIGRGGWGNVPKRLDLGWRGRAAVVDN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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