当前解析结果
SmilChr01G003567| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003567 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003567 |
| 描述 | protein MIZU-KUSSEI 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 54249052 - 54250271 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994331 |
|---|---|
| GeneID | 130994331 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994331 |
| 原始查询 | SmilChr01G003567 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein MIZU-KUSSEI 1 |
| 产物 | protein MIZU-KUSSEI 1 |
| Arabidopsis | AT2G21990 (AT2G21990)MIZU-KUSSEI-like protein (Protein of unknown function, DUF617) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816735] identity=70.8; qcov=0.936; evalue=7.65e-105; confidence=high |
| Rice | Os01g0806400 (OsEnS-19)- identity=53.4; qcov=1.02; evalue=1.01e-78; confidence=high |
| GO | GO:0010274 (hydrotropism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04759 (DUF617) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994331 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057775364.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057775364.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057775364.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057775364.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775364.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:54249346 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B119,B69,B82 |
Chr1:54249466 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,B100,B31,B34 |
Chr1:54249532 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B18 |
Chr1:54249640 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B119,B69,B82 |
Chr1:54249829 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C77 |
Chr1:54249829 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775364.1PF04759
DUF617 74-232 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775364.1 |
Pfam | PF04759 |
DUF617 | Family | 74 | 232 | 5.9e-72 | 241.7 | Protein of unknown function, DUF617 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。