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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003570

染色体: Chr01 坐标: 54266905-54274470 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003570
名称SmilChr01G003570
描述E3 ubiquitin-protein ligase RKP
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54266905 - 54274470 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993655
GeneID130993655
locus_tag-
NCBI NameLOC130993655
原始查询SmilChr01G003570

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase RKP
产物E3 ubiquitin-protein ligase RKP
ArabidopsisAT2G22010 (RKP)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816737]
identity=62.9; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0626900 (OsRFPHC-6)
-
identity=56.5; qcov=0.205; evalue=2.07e-95; confidence=weak
GOGO:0000151 (ubiquitin ligase complex); GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0034450 (ubiquitin-ubiquitin ligase activity)
KEGG-
PfamPF00622 (SPRY); PF10408 (Ufd2P_core); PF19322 (RKP_N); PF25576 (TPR_RNF123)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993655

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774623.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774623.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057774623.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774623.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774623.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54267325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr1:54267403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B69,B82
Chr1:54267478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:54267487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B69,B82
Chr1:54267517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B23,B75,B84,D2
Chr1:54267704 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C55
Chr1:54267704 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 C55
Chr1:54268274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:54268608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B125,B20
Chr1:54268899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:54269966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C76
Chr1:54270952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774623.1
1278 aa
N
1
639
1278
RKP_N
SPRY
Ufd2P_core
TPR_RNF123
C
PF19322 RKP_N 1-138 aa PF00622 SPRY 149-267 aa PF10408 Ufd2P_core 768-963 aa PF25576 TPR_RNF123 1015-1204 aa
XP_057774630.1
1278 aa
N
1
639
1278
RKP_N
SPRY
Ufd2P_core
TPR_RNF123
C
PF19322 RKP_N 1-138 aa PF00622 SPRY 149-267 aa PF10408 Ufd2P_core 768-963 aa PF25576 TPR_RNF123 1015-1204 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774623.1 Pfam PF19322 RKP_N Domain 1 138 1.3e-53 181.3 E3 ubiquitin-protein ligase RKP N-terminus
XP_057774623.1 Pfam PF00622 SPRY Domain 149 267 3.5e-28 98.8 SPRY domain
XP_057774623.1 Pfam PF10408 Ufd2P_core Repeat 768 963 2.7e-08 33.5 Ubiquitin elongating factor core
XP_057774623.1 Pfam PF25576 TPR_RNF123 Repeat 1015 1204 5.6e-77 258.9 RNF123-like, TPR repeat
XP_057774630.1 Pfam PF19322 RKP_N Domain 1 138 1.3e-53 181.3 E3 ubiquitin-protein ligase RKP N-terminus
XP_057774630.1 Pfam PF00622 SPRY Domain 149 267 3.5e-28 98.8 SPRY domain
XP_057774630.1 Pfam PF10408 Ufd2P_core Repeat 768 963 2.7e-08 33.5 Ubiquitin elongating factor core
XP_057774630.1 Pfam PF25576 TPR_RNF123 Repeat 1015 1204 5.6e-77 258.9 RNF123-like, TPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918640.1
TATGATTGCTCTTTTTCCCAAGTTCTTGCGAACAGGAAAATTAAAGAGAAAAAGAAAACCCCAAAATAATTATGAAAAAAAATCAAAATTAAAATTCAACCCTTCATCTCTCTTTCTCTCTCAATCTAGCTTTGTTTCTCTCTCTGTCATTTTCCTTCATTTATAGTAATGGCGTCTGTCCAGAACCCTAGTATTCAGCAGCCGCCGTTTCTGTTCCCGGGAAGAAGATTCGTGCTAGCATAAACAAACCTTCTTAATTC...
XM_057918647.1
ATTGCTCTTTTTCCCAAGTTCTTGCGAACAGGAAAATTAAAGAGAAAAAGAAAACCCCAAAATAATTATGAAAAAAAATCAAAATTAAAATTCAACCCTTCATCTCTCTTTCTCTCTCAATCTAGCTTTGTTTCTCTCTCTGTCATTTTCCTTCATTTATAGTAATGGCGTCTGTCCAGAACCCTAGTATTCAGCAGCCGCCGTTTCTGTTCCCGGGAAGAAGATTCGTGCTAGCATAAACAAACCTTCTTAATTCTTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130993655
ATGGCCGATGACGGCCTAGGTCTTGGTGGGCTTTCTTCAGGACTAGCTGTTGTATTGAACGGTGGGGATAAGAGAGAGGGTTCTGGGAAATCCCATTTAGTTTCATACTGTGAGGGTTTTGGTGACCAATCTGTGGAGCGGACACTGGAACATATTTTTGGTCTCCCTTACAGGGCGGTTAGTCAGTTGAGTTGCCCAATTGACATTGGTGCTGTTCGTTCCATAATAAAGAATGAATTTTATGAGAACCATCCAGAATT...
LOC130993655
ATGGCCGATGACGGCCTAGGTCTTGGTGGGCTTTCTTCAGGACTAGCTGTTGTATTGAACGGTGGGGATAAGAGAGAGGGTTCTGGGAAATCCCATTTAGTTTCATACTGTGAGGGTTTTGGTGACCAATCTGTGGAGCGGACACTGGAACATATTTTTGGTCTCCCTTACAGGGCGGTTAGTCAGTTGAGTTGCCCAATTGACATTGGTGCTGTTCGTTCCATAATAAAGAATGAATTTTATGAGAACCATCCAGAATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057774623.1
MADDGLGLGGLSSGLAVVLNGGDKREGSGKSHLVSYCEGFGDQSVERTLEHIFGLPYRAVSQLSCPIDIGAVRSIIKNEFYENHPELRTVVPRNSDGVSTSYGDSQLQTVELDECSICGDVRIVKKPLFVESHALFSSARANACVWRGKWMYEVTLETSGVQQIGWATVVCPFTEHKGVGDADDSYAYDGKRVRKWNKEAELYGQSWVVGDVIGCCIDLDSDEILFYRNGISLGVAFCGIRKMVPGLGYHPAISLSQGER...
XP_057774630.1
MADDGLGLGGLSSGLAVVLNGGDKREGSGKSHLVSYCEGFGDQSVERTLEHIFGLPYRAVSQLSCPIDIGAVRSIIKNEFYENHPELRTVVPRNSDGVSTSYGDSQLQTVELDECSICGDVRIVKKPLFVESHALFSSARANACVWRGKWMYEVTLETSGVQQIGWATVVCPFTEHKGVGDADDSYAYDGKRVRKWNKEAELYGQSWVVGDVIGCCIDLDSDEILFYRNGISLGVAFCGIRKMVPGLGYHPAISLSQGER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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