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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003574

染色体: Chr01 坐标: 54300152-54302260 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003574
名称SmilChr01G003574
描述cytochrome P450 71AU50-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54300152 - 54302260 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993957
GeneID130993957
locus_tag-
NCBI NameLOC130993957
原始查询SmilChr01G003574

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 71AU50-like
产物cytochrome P450 71AU50-like
ArabidopsisAT5G25140 (CYP71B13)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832585]
identity=36.3; qcov=0.998; evalue=9.04e-121; confidence=medium
RiceOs06g0613600 (OsCYP93F1)
-
identity=41.9; qcov=0.948; evalue=1.98e-127; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993957

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057774983.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057774983.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774983.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774983.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774983.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54300579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr1:54300590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B100,B31,B34,C79
Chr1:54300602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:54300690 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C10
Chr1:54300690 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C10
Chr1:54300785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:54300811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:54300966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,C39,C78,C82
Chr1:54301075 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 4 A20,B136,B74,C23
Chr1:54301075 AC A 1bp_deletion CDS_variant 4 A20,B136,B74,C23
Chr1:54301121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B74,C23
Chr1:54301139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B74,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774983.1
499 aa
N
1
250
499
p450
C
PF00067 p450 31-474 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774983.1 Pfam PF00067 p450 Domain 31 474 5.5e-103 345.9 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919000.1
TCTCAACGAAGTCAAGATTGAAAATGAAATAAAAATCCACCGCTACGAGTCTACGACTTAATTCTTTAAATACATACAAGATCTTCACAATAAAGTATTAACACTCTTCACTTCCACATCTCTACTAACCTAAAAAAAATACGTACAAAAAATGGCGTGGCTTTGGTCACTAGCAGTGTTATTATTAGTCGCATTATTTTATGAGTGGCGGAACCAGAAAAAAAAGAAATCACGACGGCTTCCACCGGGGCCGCGAGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993957
ATGGCGTGGCTTTGGTCACTAGCAGTGTTATTATTAGTCGCATTATTTTATGAGTGGCGGAACCAGAAAAAAAAGAAATCACGACGGCTTCCACCGGGGCCGCGAGGGCTCCCCATAATCGGCCACATCCACCTCTTGGGCAAGAATCCCCACCAAGACTTCCGCCGCCTTGCTGAGGAGCACGGCGAGATCATGCACATGCGCCTCGGCTCGCTCCCGATTGTGGTCGTGTCGTCTCCGGCCACGGCGGAGCTGGTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774983.1
MAWLWSLAVLLLVALFYEWRNQKKKKSRRLPPGPRGLPIIGHIHLLGKNPHQDFRRLAEEHGEIMHMRLGSLPIVVVSSPATAELVLKTHDAVLSDRPHYLSTTRLTYGHRDVIFAPCGPYWRNMRKLCTLELLSGLRIDEFQPMRRAEIMRAVDGLRRAAEEGEVVDVSARVSGLVGDMNCLMVFGRKFVDRDLDQELGFKDVIEETTRVAAQPNLGDYFPLVAPLDLQGLNRRVERLSATFDGFLDMIIDDHVKKNEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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