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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003580

染色体: Chr01 坐标: 54376068-54381774 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003580
名称SmilChr01G003580
描述cytochrome P450 71AU50-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54376068 - 54381774 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994602
GeneID130994602
locus_tag-
NCBI NameLOC130994602
原始查询SmilChr01G003580

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 71AU50-like
产物cytochrome P450 71AU50-like
ArabidopsisAT5G07990 (TT7)
Cytochrome P450 superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830693]
identity=39.4; qcov=1.01; evalue=5.7e-123; confidence=medium
RiceOs09g0441400
-
identity=40.3; qcov=1.01; evalue=1.68e-135; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994602

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057775640.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057775640.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775640.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775640.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775640.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54376131 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B50
Chr1:54376131 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B50
Chr1:54376139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:54376150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B22,C60
Chr1:54376257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B35
Chr1:54379472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C41
Chr1:54379528 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:54379550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B81,C37
Chr1:54379654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B109,C20
Chr1:54379723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B22,B41,C60
Chr1:54379774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:54379999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775640.1
497 aa
N
1
248
497
p450
C
PF00067 p450 34-486 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775640.1 Pfam PF00067 p450 Domain 34 486 3.9e-96 323.3 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919657.1
TTGGATTCACACACACACACCTTGAGAAAAATCATAGTTTTTGGATTGAAAATGGCTTGGATTTGGGCGGCGGCAGTAGCAGCAGCGATCCCATTATTCCTCTACCTCCTTCATCAATGGCGGAACCTCTCAAACAAGAAGAAGAAGCTCCCTCCCGGCCCCAAAGGCCTTCCAATCATCGGCCATTTCCACCTACTCAGCAGCAATCCTCACCAAGATCTCCACCTGCGCCTAGCCCGCAAGCACGGCCCGATCATGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994602
ATGGCTTGGATTTGGGCGGCGGCAGTAGCAGCAGCGATCCCATTATTCCTCTACCTCCTTCATCAATGGCGGAACCTCTCAAACAAGAAGAAGAAGCTCCCTCCCGGCCCCAAAGGCCTTCCAATCATCGGCCATTTCCACCTACTCAGCAGCAATCCTCACCAAGATCTCCACCTGCGCCTAGCCCGCAAGCACGGCCCGATCATGTACACGCGCTTCGGCTCCATCCCAACCATCATCGTCTCCTCCCCCTCCGCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775640.1
MAWIWAAAVAAAIPLFLYLLHQWRNLSNKKKKLPPGPKGLPIIGHFHLLSSNPHQDLHLRLARKHGPIMYTRFGSIPTIIVSSPSAAELFLKTHDLIFADRPHHEAAYHLGYEQRNIVFGRYGPYWRNMRKLCTLELLSSLKIAQFEPMRKAELGIFVSALREAAAAREAVDMGVRIASVSADLISLMVFGGRFVEWELDGARFKEVMTEAVAEGAAFNLGDYFPSLRWMDLQGSARRLKKLSVIFDAFLERIIDDHGRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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