Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003581

染色体: Chr01 坐标: 54376761-54378672 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003581
名称SmilChr01G003581
描述receptor-like protein kinase ANXUR2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54376761 - 54378672 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994492
GeneID130994492
locus_tag-
NCBI NameLOC130994492
原始查询SmilChr01G003581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase ANXUR2
产物receptor-like protein kinase ANXUR2
ArabidopsisAT3G09830 (AT3G09830)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820141]
identity=68.2; qcov=0.475; evalue=1.29e-24; confidence=medium
RiceOs02g0819600 (OsRLCK88)
-
identity=65.1; qcov=0.453; evalue=5.42e-23; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994492

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775520.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057775520.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775520.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775520.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775520.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54377506 CA * 1bp_deletion CDS_variant 2 B112,B66
Chr1:54377698 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B125,B26,B3,B47,B51,B59,C15,C41,C56,C76
Chr1:54378327 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B109,B13,B35,B60,B72,C45
Chr1:54378331 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 77 A14,A15,A16,A25,A8,B102,B114,B118,B119,B120,B123,B125,B128,B129,B13,B130,B136,B137,B139,B14,B20,B23,B24,B32,B33,B34,B35,B37,B45,B46,B50,B52,B53,B6,B61,B64,B66,B75,B78,B81,B84,B85,B87,B93,C10,C27,C28,C3,C30,C33,C35,C37,C38,C39,C5,C50,C54,C56,C57,C6,C61,C63,C64,C66,C67,C7,C71,C72,C80,C81,C83,C87,D10,D11,D3,D6,D8
Chr1:54378345 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B44
Chr1:54378345 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B44
Chr1:54378361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:54378372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,D3
Chr1:54378390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B53,C25,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091782.1
AGTAATTCACGCCTTCTCCACTATGCCCACCTAATTCCATAATTCCATTATCTTCGCGCGTGTTTCCTCAGGGCGCCCCACAAAAAAAATTCATTTCACCGCCATGTGCTAAAATCCCTCCACAAATCGGCAGTTACTTAATCTCAATTCCCACTATCTTAAACTGATATTCCTCTCCAACAGGCAAGCTTCGGTAGACTTCCCAACATCAAATTCCACAAACTCAGATTACCAAAACTTCACACAACTCTCAATTCAGC...
XR_009091784.1
GTAATTCACGCCTTCTCCACTATGCCCACCTAATTCCATAATTCCATTATCTTCGCGCGTGTTTCCTCAGGGCGCCCCACAAAAAAAATTCATTTCACCGCCATGTGCTAAAATCCCTCCACAAATCGGCAGTTACTTAATCTCAATTCCCACTATCTTAAACTGATATTCCTCTCCAACAGGCAAGCTTCGGTAGACTTCCCAACATCAAATTCCACAAACTCAGATTACCAAAACTTCACACAACTCTCAATTCAGCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994492
ATGGTAGCTGCGAGTGCAACCCCAATCAAGGGCGCCGGAGGCAGGCAAGGCGGCGACAGGAAGAAATCAAATATCGAAATCCGTCAAGATAGCTTGCCATTCGTGACTGGGAAGGGTGGACTCAGGTGTGTTTTTAAGGGAGTTTTCAGAGCTCGGTTAATTCATTTCCTAGCCTACTTGCACGAGGAAATAGATTTTCAGGCTATCTTCAGGGACTTCAAATCGTCGATCTTTCTTCTAGATGAGCAGTGGAACGCTAA...
LOC130994492
ATGGTAGCTGCGAGTGCAACCCCAATCAAGGGCGCCGGAGGCAGGCAAGGCGGCGACAGGAAGAAATCAAATATCGAAATCCGTCAAGATAGCTTGCCATTCGTGACTGGGAAGGGTGGACTCAGGTGTGTTTTTAAGGGAGTTTTCAGAGCTCGGTTAATTCATTTCCTAGCCTACTTGCACGAGGAAATAGATTTTCAGGCTATCTTCAGGGACTTCAAATCGTCGATCTTTCTTCTAGATGAGCAGTGGAACGCTAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775520.1
MVAASATPIKGAGGRQGGDRKKSNIEIRQDSLPFVTGKGGLRCVFKGVFRARLIHFLAYLHEEIDFQAIFRDFKSSIFLLDEQWNAKLTDYGLAWLGPPEGRTYISTMVVGSMGHATPERIRPLFELTIDQPALDMQSS
XP_057775524.1
MVAASATPIKGAGGRQGGDRKKSNIEIRQDSLPFVTGKGGLRCVFKGVFRARLIHFLAYLHEEIDFQAIFRDFKSSIFLLDEQWNAKLTDYGLAWLGPPEGRTYISTMVVGSMGHATPERIRPLFELTIDQPALDMQSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器