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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003589

染色体: Chr01 坐标: 54434343-54437470 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003589
名称SmilChr01G003589
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54434343 - 54437470 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993728
GeneID130993728
locus_tag-
NCBI NameLOC130993728
原始查询SmilChr01G003589

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070-like
ArabidopsisAT2G22070 (AT2G22070)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816742]
identity=61.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0775400
-
identity=55.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13176 (TPR_7); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993728

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057774754.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057774754.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774754.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774754.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774754.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54434725 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B33
Chr1:54434725 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B33
Chr1:54434744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C66
Chr1:54434795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C57,C66
Chr1:54434812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B31,D11
Chr1:54434870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C53
Chr1:54434878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C53
Chr1:54435103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr1:54435188 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 33 A20,A9,B10,B107,B115,B122,B128,B136,B138,B15,B2,B20,B24,B3,B35,B42,B47,B54,B58,B62,B71,B72,B74,B82,B89,B96,C29,C4,C45,C49,C51,C61,D8
Chr1:54435297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr1:54435417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B2,B47,D3
Chr1:54435437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774754.1
776 aa
N
1
388
776
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
E_motif
TPR_7
PPR
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 43-69 aa PF12854 PPR_1 69-95 aa PF13812 PPR_3 69-96 aa PF01535 PPR 71-96 aa PF13041 PPR_2 99-147 aa PF01535 PPR 102-130 aa PF01535 PPR 175-201 aa PF01535 PPR 204-232 aa PF13041 PPR_2 231-280 aa PF01535 PPR 234-262 aa PF01535 PPR 339-367 aa PF13041 PPR_2 366-411 aa PF13812 PPR_3 366-412 aa PF01535 PPR 369-399 aa PF01535 PPR 442-467 aa PF13041 PPR_2 469-515 aa PF13812 PPR_3 469-516 aa PF01535 PPR 471-500 aa PF01535 PPR 506-532 aa PF01535 PPR 546-567 aa PF20431 E_motif 586-648 aa PF13176 TPR_7 609-631 aa PF01535 PPR 609-638 aa PF14432 DYW_deaminase 684-776 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 43 69 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 69 95 3.5e-49 164.9 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 69 96 6.6e-39 132.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 71 96 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 99 147 8.4e-88 289.1 PPR repeat family
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 102 130 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 175 201 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 204 232 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 231 280 8.4e-88 289.1 PPR repeat family
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 262 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 339 367 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 366 411 8.4e-88 289.1 PPR repeat family
XP_057774754.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 366 412 6.6e-39 132.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 399 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 442 467 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 469 515 8.4e-88 289.1 PPR repeat family
XP_057774754.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 469 516 6.6e-39 132.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 471 500 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 506 532 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 546 567 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 586 648 3.3e-18 66.4 E motif
XP_057774754.1 Pfam PF13176 TPR_7 Repeat 609 631 1.1e-07 32.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057774754.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 609 638 8.6e-81 261.5 PPR repeat
XP_057774754.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 684 776 8.3e-44 148.1 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918771.1
TGTAATCTCCGCTTGGTTATGTGAATGTGACTATGTCCAAGGTCAATTAGTATGCAATTTTTTTATTTTTTTATTTAATAAAAGCAGCATTAAAAAAAAAACGTAAAAAAGTTCATGAATCCTTAGATAAATCTTTGTCTGATCTTTTTCCGGTAAACCATTTTAGAGCCGCCGCGTTCCTGCCGCCGGTAACCTTATCGATTATTTTCCTCTTAAGTAATCAAGAATGAAGCAAACATCATTACCATAGCTTGAGACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993728
ATGTCGCAGTGGGAAGAATATGCTTCAATTCTGCAAACAAGCATAAAAAACAGACGCCCTTCGGCAGTAAAATCATTCCACGCCAGCATAATCAAATCCGGGCTCAACTTCGGAGTCATCTTGACGAACCACGTTTTGAACGCATATGCTAAAACCGGGTCTCTCGTCGATGCCCGCAACATGTTCGACGAAATGCCCGTGAAGAATGTGTCGACTTACAACACGCTCTTGTCCGCTTACGCTAAGCAGGGCAGAACCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774754.1
MSQWEEYASILQTSIKNRRPSAVKSFHASIIKSGLNFGVILTNHVLNAYAKTGSLVDARNMFDEMPVKNVSTYNTLLSAYAKQGRTRDALRVFDELPQPDSVSWTALIVGYNQKGRFGAALAMFIEMIKCRALPTQYTFTNILASCAAVEALDVGRKVHSFVVKLGFSGAVSVANSLLNMYAKSGDAVTAMAVFNRIELRNVSSWNAVITLHMQRGEVEEALAQFEEMKQRDVISWNSMIAGYSQRGFDARALILFSEML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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