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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003592

染色体: Chr01 坐标: 54458554-54462410 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003592
名称SmilChr01G003592
描述glutathione hydrolase 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54458554 - 54462410 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993826
GeneID130993826
locus_tag-
NCBI NameLOC130993826
原始查询SmilChr01G003592

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione hydrolase 1-like
产物glutathione hydrolase 1-like
ArabidopsisAT4G39640 (GGT1)
gamma-glutamyl transpeptidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830118]
identity=61.8; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0457500
-
identity=63.4; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0006751 (glutathione catabolic process); GO:0036374 (glutathione gamma-glutamate hydrolase)
KEGGsmil00430 (Taurine and hypotaurine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00460 (Cyanoamino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00590 (Arachidonic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01019 (G_glu_transpept)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993826

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057774849.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057774849.1
3 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057774849.1
4 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057774849.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057774854.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54459747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr1:54459791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:54460031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B94,C62,D8
Chr1:54460514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B105,B87,C58
Chr1:54460662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:54460671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D7
Chr1:54461057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:54461121 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B53
Chr1:54461121 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B53
Chr1:54461321 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr1:54461360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:54461952 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B94,C62,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774849.1
577 aa
N
1
288
577
G_glu_transpept
C
PF01019 G_glu_transpept 54-575 aa
XP_057774854.1
571 aa
N
1
286
571
G_glu_transpept
C
PF01019 G_glu_transpept 45-517 aa
XP_057774858.1
568 aa
N
1
284
568
G_glu_transpept
C
PF01019 G_glu_transpept 45-566 aa
XP_057774862.1
568 aa
N
1
284
568
G_glu_transpept
C
PF01019 G_glu_transpept 45-566 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774849.1 Pfam PF01019 G_glu_transpept Domain 54 575 2.4e-179 598.2 Gamma-glutamyltranspeptidase
XP_057774854.1 Pfam PF01019 G_glu_transpept Domain 45 517 7.3e-169 563.6 Gamma-glutamyltranspeptidase
XP_057774858.1 Pfam PF01019 G_glu_transpept Domain 45 566 2.3e-179 598.3 Gamma-glutamyltranspeptidase
XP_057774862.1 Pfam PF01019 G_glu_transpept Domain 45 566 2.3e-179 598.3 Gamma-glutamyltranspeptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918866.1
TTCAAATACTGTTCTTGGCTTCTCCCTCGACACAGGGATCATCTGCAAACAACACGATTCCTTGAACGAGGGCGATATCGTGCCATTTCTGCAGCTCGAGAGATGGATCATTCAACTGTGGAATGCTTTATGGTAAACGGCTACGACCGATGTCGTGGTGGATGACCTCTGTATGGCAGTTTCTCTTGCTGTCGTCGTCGTTTGCTGCTGCTGCAGCCAGCGATGGCAGGCGGCAGAGCGTCACTGTAGAGCACGGGGTC...
XM_057918875.1
TGTTATAATCATATCTACGAGTGCGAAAGTCACGCTTCACACAAAATATCTAAAACATTAAAAATGTGTAGCCAAAAAAAAAAAGTGGCACAGATTTTATCTTTGCAAGCAAAAAGCACCAAGTAAGACAATCCAAAAACAATCTCTCGTAAACACCTTTAGCCATTTCTTGGCAAGAGTAAAAGGGAATAAATGAAATTAGTCTCTCACAAATTGTGATATATTTACTTGAGTTTGTAGTTTTCTTCTACCGATCATTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130993826
ATGCTTTATGGTAAACGGCTACGACCGATGTCGTGGTGGATGACCTCTGTATGGCAGTTTCTCTTGCTGTCGTCGTCGTTTGCTGCTGCTGCAGCCAGCGATGGCAGGCGGCAGAGCGTCACTGTAGAGCACGGGGTCGTGGCCACTGACCACGGCCTGTGCTCGAGGATCGGGAGGGACGTGCTCGTGGAGGGCGGACATGCAGTGGACGCAGCTGTGGCTGCCGCCCTCTGCCTCGGAGTCGTCAACCCCGCCTCCAG...
LOC130993826
ATGTCGTGGTGGATGACCTCTGTATGGCAGTTTCTCTTGCTGTCGTCGTCGTTTGCTGCTGCTGCAGCCAGCGATGGCAGGCGGCAGAGCGTCACTGTAGAGCACGGGGTCGTGGCCACTGACCACGGCCTGTGCTCGAGGATCGGGAGGGACGTGCTCGTGGAGGGCGGACATGCAGTGGACGCAGCTGTGGCTGCCGCCCTCTGCCTCGGAGTCGTCAACCCCGCCTCCAGCGGCATTGGCGGCGGCGCGTTCATGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057774849.1
MLYGKRLRPMSWWMTSVWQFLLLSSSFAAAAASDGRRQSVTVEHGVVATDHGLCSRIGRDVLVEGGHAVDAAVAAALCLGVVNPASSGIGGGAFMLVRLAGGDAEAYDMRETAPKHASENMYAGNAALKASGALSVAVPGELAGLAEVWRRHGRLPWRRLVAPAALVAEKGFKISPYLHMQMVSSESKIMADEGLRDVFTRNGSLLRPGDVCHNKPLAKTLAVISMAGIRVFYNGSVGQSLVRDVGKGGGVLSMEDLERY...
XP_057774854.1
MSWWMTSVWQFLLLSSSFAAAAASDGRRQSVTVEHGVVATDHGLCSRIGRDVLVEGGHAVDAAVAAALCLGVVNPASSGIGGGAFMLVRLAGGDAEAYDMRETAPKHASENMYAGNAALKASGALSVAVPGELAGLAEVWRRHGRLPWRRLVAPAALVAEKGFKISPYLHMQMVSSESKIMADEGLRDVFTRNGSLLRPGDVCHNKPLAKTLAVISMAGIRVFYNGSVGQSLVRDVGKGGGVLSMEDLERYRVELRRAVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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