Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003597`

染色体: Chr01 坐标: 54520913-54523342 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003597`
名称	SmilChr01G003597
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	54520913 - 54523342 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010115`
GeneID	`131010115`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010115`
原始查询	`SmilChr01G003597`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=50; qcov=0.637; evalue=7.98e-31; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=57.9; qcov=0.994; evalue=1.8e-64; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010115

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793511.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057793511.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793511.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793511.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793511.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:54522870`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	70	A13,A14,A15,A4,A5,A6,A7,B108,B11,B121,B122,B134,B136,B15,B18,B27,B34,B38,B39,B45,B5,B51,B54,B58,B61,B64,B74,B8,B81,B91,B93,B94,C1,C12,C13,C14,C15,C17,C19,C2,C21,C23,C24,C25,C27,C29,C32,C40,C42,C46,C5,C54,C56,C57,C61,C63,C64,C66,C72,C74,C77,C78,C79,C82,C83,C84,D11,D3,D7,D9
`Chr1:54522951`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B137,B22,B61,B9,C34,C70
`Chr1:54522998`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,C61
`Chr1:54523021`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B51
`Chr1:54523021`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B51
`Chr1:54523025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B119,B40,C17,C81,D4
`Chr1:54523036`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C55
`Chr1:54523051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr1:54523082`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B123,B21,C59
`Chr1:54523082`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B123,B21,C59
`Chr1:54523085`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,B21,C59
`Chr1:54523086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793511.1

160 aa

160

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF04827 Plant_tran 2-160 aa PF13359 DDE_Tnp_4 17-154 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793511.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	2	160	3.9e-66	223.3	Plant transposon protein
`XP_057793511.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	17	154	8.2e-10	39.2	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937528.1
ATGGTGGCTTGGCATGACGCTTACACTCTAGGAGATCAGGGCGAGCCAACGATTATATTAGAGGTTGTTGCTTCACAAGAGTTGTGGATATGGCACGCCTTTTTCGGAATCGCCGGGTCAAATAATGACACCAACGTTCTCAACCAGTCCACGTTATTCAATGACGTCCTATCGGGCAATGAAGCAGCGGTGCATTTCCTCGCCAACAATTCCTACCACACCAGAGGCTACTACTTAACTGATGGCATCTATCCGGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010115
ATGGTGGCTTGGCATGACGCTTACACTCTAGGAGATCAGGGCGAGCCAACGATTATATTAGAGGTTGTTGCTTCACAAGAGTTGTGGATATGGCACGCCTTTTTCGGAATCGCCGGGTCAAATAATGACACCAACGTTCTCAACCAGTCCACGTTATTCAATGACGTCCTATCGGGCAATGAAGCAGCGGTGCATTTCCTCGCCAACAATTCCTACCACACCAGAGGCTACTACTTAACTGATGGCATCTATCCGGATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793511.1
MVAWHDAYTLGDQGEPTIILEVVASQELWIWHAFFGIAGSNNDTNVLNQSTLFNDVLSGNEAAVHFLANNSYHTRGYYLTDGIYPDWPVFVKSFAFPSDEKKRRFKVMQEAARKDVERAFGVLQARWGIIRGSSRLWKQKHMNSIMFTCILLHNMIIEDE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器