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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003606

染色体: Chr01 坐标: 54590250-54593067 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003606
名称SmilChr01G003606
描述membrane-anchored ubiquitin-fold protein 6-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54590250 - 54593067 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994537
GeneID130994537
locus_tag-
NCBI NameLOC130994537
原始查询SmilChr01G003606

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述membrane-anchored ubiquitin-fold protein 6-like
产物membrane-anchored ubiquitin-fold protein 6-like
ArabidopsisAT1G22050 (MUB6)
membrane-anchored ubiquitin-fold protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838810]
identity=66.1; qcov=0.975; evalue=1.49e-52; confidence=high
RiceOs02g0750600 (MUB3)
-
identity=66.7; qcov=0.966; evalue=4.87e-52; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF13881 (Rad60-SLD_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057775566.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057775566.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775566.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775566.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775566.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54591102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,C38,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775566.1
118 aa
N
1
59
118
Rad60-SLD_2
C
PF13881 Rad60-SLD_2 6-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775566.1 Pfam PF13881 Rad60-SLD_2 Domain 6 116 1.2e-42 145.2 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919583.1
AAATTATTCAATTATATTTCAGCACACGTCAAAACAACAAAATCAATAGATTTTCACAGAAATTCATACAATGCCAAAAATTATCTAGTCTTTTTTTGAACGAAAAAAATTATCTAGTCCCAGATTTATATAAACATATCTTTCCTAACTAATTTGGCCTGCAAAAACGAAATCTGTCTATTAGCTTTCCAATTTTCAGATCGATTCATAGTAGACTTCTATTTCAGTCTTTGAATTCAAAGCAAAAAGAAGTTTCTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994537
ATGGCTGTGGACGAATTAGTTGAGCTTAAATTTAGGCTGGCCGATGGCAGTGATATTGGACCTAGCAAATATAGTTCTACTACAACTGTGACTTCTCTCAAGGAAAGGATCATTTCACAATGGCCCAAAGATAAAGAAAATGGACCTAAATCCATAAACGATATAAAGCTCATTAACGCTGGAAAGATACTAGAAAACAACAGAACACTTGCTGAATCACGAACTCCTCTAAGTGAAGTTCCGGGAGGCGTCATCACAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775566.1
MAVDELVELKFRLADGSDIGPSKYSSTTTVTSLKERIISQWPKDKENGPKSINDIKLINAGKILENNRTLAESRTPLSEVPGGVITMLVVVRPPLPDKHSDKLQDESQKKVGCSCSIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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