Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003639`

染色体: Chr01 坐标: 54890600-54893050 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003639`
名称	SmilChr01G003639
描述	laccase-21-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	54890600 - 54893050 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993856`
GeneID	`130993856`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993856`
原始查询	`SmilChr01G003639`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	laccase-21-like
产物	laccase-21-like
Arabidopsis	`AT5G09360` (LAC14) laccase 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830795] identity=47.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0696900` (OsLAC25) - identity=49.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005507 (copper ion binding); GO:0046274 (lignin catabolic process); GO:0048046 (apoplast); GO:0052716 (hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00394 (Cu-oxidase); PF07731 (Cu-oxidase_2); PF07732 (Cu-oxidase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993856

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057774876.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057774876.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774876.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774876.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774876.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:54891067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B66,B79,C39,C53,D1
`Chr1:54891245`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B24,B68,D3
`Chr1:54891521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr1:54891662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C30
`Chr1:54891758`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B42,B43,C70,C85,C87
`Chr1:54891803`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B90,B92,C83,D6
`Chr1:54892192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr1:54892376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,D10
`Chr1:54892424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,C57
`Chr1:54892434`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr1:54892500`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B40,B53,C18,C62
`Chr1:54892542`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,C1,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774876.1

574 aa

287

574

Cu-oxidase_3

Cu-oxidase

Cu-oxidase_2

PF07732 Cu-oxidase_3 44-150 aa PF00394 Cu-oxidase 166-312 aa PF07731 Cu-oxidase_2 416-547 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774876.1`	Pfam	`PF07732`	Cu-oxidase_3	Domain	44	150	3.4e-39	134.3	Multicopper oxidase
`XP_057774876.1`	Pfam	`PF00394`	Cu-oxidase	Domain	166	312	3.9e-36	125.3	Multicopper oxidase
`XP_057774876.1`	Pfam	`PF07731`	Cu-oxidase_2	Domain	416	547	6.8e-44	149.7	Multicopper oxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918893.1
TCTCAACTCAACAACTTAATTACCAGAAATGGAAATTAAATTAGCAGTAGTTTGTGCTAGGAAGGTTTTCATCCTCTGCTTCTTAGGTATAATTTTGGTGACGCCACTCCATGCTTTAGTTCGTCGCTGCAAATTTGAATTGGTAAATTCCTTGCACACTAGACTGTGCAGCAGCAAGAGCATGCTCACCATAAACGGACAATACCCTGGCCCGACTATATATGCCAGAAGAGGAGATTTGGTGATAGTCGACGTTGTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993856
ATGGAAATTAAATTAGCAGTAGTTTGTGCTAGGAAGGTTTTCATCCTCTGCTTCTTAGGTATAATTTTGGTGACGCCACTCCATGCTTTAGTTCGTCGCTGCAAATTTGAATTGGTAAATTCCTTGCACACTAGACTGTGCAGCAGCAAGAGCATGCTCACCATAAACGGACAATACCCTGGCCCGACTATATATGCCAGAAGAGGAGATTTGGTGATAGTCGACGTTGTTAATAGTGCTCATCAAAATATAACTATTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774876.1
MEIKLAVVCARKVFILCFLGIILVTPLHALVRRCKFELVNSLHTRLCSSKSMLTINGQYPGPTIYARRGDLVIVDVVNSAHQNITIHWHGVKMRRYPWSDGTNYVTQCPIRPGQSFRQRMILSDEEGTLWWHAHSDWSRNTVYGAIVILPPITQPFPFPKPHAHLPILIGEWWKGDVQQVMEEFLGGGGEPQVSDAFLINGQPGDLYPCSTQDTYKVSVEFGKTYLMRLVNAVMDNIMFFKITGHKFTVVGTDGAYTKPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器