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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003644

染色体: Chr01 坐标: 54925121-54932996 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003644
名称SmilChr01G003644
描述uncharacterized aarF domain-containing protein kinase At1g71810, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54925121 - 54932996 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994750
GeneID130994750
locus_tag-
NCBI NameLOC130994750
原始查询SmilChr01G003644

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843511]; symbol=AT1G71810; hit=AT1G71810; species=arabidopsis; confidence=high
产物Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843511]; symbol=AT1G71810; hit=AT1G71810; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G71810 (AT1G71810)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843511]
identity=67.7; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0640500
-
identity=65.9; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF03109 (ABC1); PF27536 (UbiB_helical)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994750

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057775798.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057775798.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057775798.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.60000 XP_057775802.1
5 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057775798.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54925224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B62,B73,B79,C53
Chr1:54925321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:54926843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:54927018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B129
Chr1:54927019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B129
Chr1:54927024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B129
Chr1:54930312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B131,C46
Chr1:54932066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:54932226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B102,D6
Chr1:54932291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C19,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775798.1
721 aa
N
1
360
721
ABC1
C
PF03109 ABC1 154-386 aa
XP_057775802.1
707 aa
N
1
354
707
ABC1
ABC1
C
PF03109 ABC1 154-305 aa PF03109 ABC1 307-372 aa
XP_057775811.1
692 aa
N
1
346
692
ABC1
UbiB_helical
C
PF03109 ABC1 154-386 aa PF27536 UbiB_helical 417-463 aa
XP_057775814.1
678 aa
N
1
339
678
ABC1
ABC1
UbiB_helical
C
PF03109 ABC1 154-305 aa PF03109 ABC1 307-372 aa PF27536 UbiB_helical 403-449 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775798.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 154 386 2.1e-68 230.8 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057775802.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 154 305 3e-63 213.9 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057775802.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 307 372 3e-63 213.9 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057775811.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 154 386 1.9e-68 231.0 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057775811.1 Pfam PF27536 UbiB_helical Domain 417 463 3.1e-07 30.6 UbiB helical domain
XP_057775814.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 154 305 2.7e-63 214.1 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057775814.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 307 372 2.7e-63 214.1 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057775814.1 Pfam PF27536 UbiB_helical Domain 403 449 3.1e-07 30.6 UbiB helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091927.1
AAAAAATCAGATAATACGAATCTTTTAATAGAGGCCAACAAACTACCTCCGCCAACGGTTGCAAATTTGCAGCGAAATTCGTTTCAGTTCCCGGCAAGATGCTGCTGGTCCCGCCTCCATCGCCGCCGTCATTTCCAGTTGCCGCCAGTTTCGCCTCCGGCCGCCACTCGCGACTCAGCACGCTTCGGCGCCACCAGGTCGCCGCGACTAATGAAGTCGACGCCTTCACGCAATACTCCGGCTACCTCTTCGAGCTGAGC...
XM_057919828.1
AAAAATCAGATAATACGAATCTTTTAATAGAGGCCAACAAACTACCTCCGCCAACGGTTGCAAATTTGCAGCGAAATTCGTTTCAGTTCCCGGCAAGATGCTGCTGGTCCCGCCTCCATCGCCGCCGTCATTTCCAGTTGCCGCCAGTTTCGCCTCCGGCCGCCACTCGCGACTCAGCACGCTTCGGCGCCACCAGGTCGCCGCGACTAATGAAGTCGACGCCTTCACGCAATACTCCGGCTACCTCTTCGAGCTGAGCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130994750
ATGCTGCTGGTCCCGCCTCCATCGCCGCCGTCATTTCCAGTTGCCGCCAGTTTCGCCTCCGGCCGCCACTCGCGACTCAGCACGCTTCGGCGCCACCAGGTCGCCGCGACTAATGAAGTCGACGCCTTCACGCAATACTCCGGCTACCTCTTCGAGCTGAGCTCATCTGAAGCCGAATCCTTGAACGAATACAAAATATCGAAAATCGCCGCTATATATCAGAAGAAGCCTTTGATTCTCCTCCGCCGGTTGTTGCAGAC...
LOC130994750
ATGCTGCTGGTCCCGCCTCCATCGCCGCCGTCATTTCCAGTTGCCGCCAGTTTCGCCTCCGGCCGCCACTCGCGACTCAGCACGCTTCGGCGCCACCAGGTCGCCGCGACTAATGAAGTCGACGCCTTCACGCAATACTCCGGCTACCTCTTCGAGCTGAGCTCATCTGAAGCCGAATCCTTGAACGAATACAAAATATCGAAAATCGCCGCTATATATCAGAAGAAGCCTTTGATTCTCCTCCGCCGGTTGTTGCAGAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057775798.1
MLLVPPPSPPSFPVAASFASGRHSRLSTLRRHQVAATNEVDAFTQYSGYLFELSSSEAESLNEYKISKIAAIYQKKPLILLRRLLQTATTLGRWFALRYYDRITERADAMFEVRAAELRKILVQLGPAYIKIAQAVSSRPDLIPPSYLDELSLLQDRITPFSTAVAFDIIERELGLPIEALFSEISPEPVAAASLGQVYQARLRSSGKVVAIKVQRPGVRAAISLDILILRFLAGIIRTVGRFNTDLQSVVDEWASSLFR...
XP_057775802.1
MLLVPPPSPPSFPVAASFASGRHSRLSTLRRHQVAATNEVDAFTQYSGYLFELSSSEAESLNEYKISKIAAIYQKKPLILLRRLLQTATTLGRWFALRYYDRITERADAMFEVRAAELRKILVQLGPAYIKIAQAVSSRPDLIPPSYLDELSLLQDRITPFSTAVAFDIIERELGLPIEALFSEISPEPVAAASLGQVYQARLRSSGKVVAIKVQRPGVRAAISLDILILRFLAGIIRTVGRFNTDLQSVVDEWASSLFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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