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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003659

染色体: Chr01 坐标: 55019597-55020369 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003659
名称SmilChr01G003659
描述uncharacterized SmilChr01G003659
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55019597 - 55020369 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994904
GeneID130994904
locus_tag-
NCBI NameLOC130994904
原始查询SmilChr01G003659

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleolar protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843504]; symbol=AT1G71740; hit=AT1G71740; species=arabidopsis; confidence=medium
产物nucleolar protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843504]; symbol=AT1G71740; hit=AT1G71740; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G71740 (AT1G71740)
nucleolar protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843504]
identity=48.1; qcov=1.02; evalue=4.92e-31; confidence=medium
RiceOs02g0210900
-
identity=58.7; qcov=0.365; evalue=6.84e-12; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994904

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057776022.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057776022.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057776022.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776022.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776022.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55019797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B64,B75
Chr1:55019801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr1:55019849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B79,C39,D1
Chr1:55019972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:55019974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B12,B82,C45,C9
Chr1:55020008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,C59,C61
Chr1:55020109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920039.1
TTAAATCATAAAAGAGTAAAAATATTACTCCATGTGTATCATAATTTATAAGGATACACACTTTTGACCATAGATAAGAGATCTGTTATGGTCATAATTCACTGAATCCATGAACAGGTGAAAAACTAAATCCATCAAAAACCAAACCACACAACACAACAAATCCTCCAAACTCAACAACCCCATAATTCCTTAACCTCTCTCTATAAATAAACACACATACTTCCCCATCCCTATTTGAGCATCATCATGGCTAGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994904
ATGGCTAGACACATCTCCCTGAGAAACCACCAACTCAGCATTTCACACTTGGGATTTGGAGTTGCTAGTCTCATCCTGTGTGCATTGACTCTCTTCATGTGTGCCAGCCACTCGCACAGGCGATGGCGCAGGTGGAGATCTTGCTACGGCTATGGGAGCCACGATCCCGTCATCCAACTCAACCACGAAGAGATCATGGATTACCAGTTAGAAGGAGATGTGGAGCCGAGCGGTGAAGGCAGTCTGTGGAAGAAGAATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776022.1
MARHISLRNHQLSISHLGFGVASLILCALTLFMCASHSHRRWRRWRSCYGYGSHDPVIQLNHEEIMDYQLEGDVEPSGEGSLWKKNIMMGGKCQLPDFSGVIIYDSTGTVVTPAINQTALPALTWR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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