Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003663

染色体: Chr01 坐标: 55057046-55061669 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003663
名称SmilChr01G003663
描述protein GIGANTEA-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55057046 - 55061669 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994921
GeneID130994921
locus_tag-
NCBI NameLOC130994921
原始查询SmilChr01G003663

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein GIGANTEA-like
产物protein GIGANTEA-like
ArabidopsisAT1G22770 (GI)
gigantea protein (GI) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838883]
identity=57.8; qcov=0.84; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0182600 (GI)
-
identity=56; qcov=0.831; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006950 (response to stress); GO:0042752 (regulation of circadian rhythm); GO:0048586 (regulation of long-day photoperiodism, flowering)
KEGGsmil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF28518 (GIGANTEA_C); PF30921 (GIGANTEA_M); PF30924 (GIGANTEA_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776047.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057776047.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776047.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776047.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776047.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55057896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr1:55058001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B128,B64,C1,C16
Chr1:55058381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C8
Chr1:55058399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:55058965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C8
Chr1:55059379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B90,B92,D11,D6
Chr1:55059387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:55059508 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 8 B1,B12,B24,B55,B68,B78,C25,D3
Chr1:55059509 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 8 B1,B12,B24,B55,B68,B78,C25,D3
Chr1:55059539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr1:55059575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr1:55059580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776047.1
965 aa
N
1
482
965
GIGANTEA_N
GIGANTEA_N
GIGANTEA_M
GIGANTEA_M
GIGANTEA_C
C
PF30924 GIGANTEA_N 4-148 aa PF30924 GIGANTEA_N 152-366 aa PF30921 GIGANTEA_M 410-604 aa PF30921 GIGANTEA_M 609-703 aa PF28518 GIGANTEA_C 718-964 aa
XP_057776057.1
965 aa
N
1
482
965
GIGANTEA_N
GIGANTEA_N
GIGANTEA_M
GIGANTEA_M
GIGANTEA_C
C
PF30924 GIGANTEA_N 4-148 aa PF30924 GIGANTEA_N 152-366 aa PF30921 GIGANTEA_M 410-604 aa PF30921 GIGANTEA_M 609-703 aa PF28518 GIGANTEA_C 718-964 aa
XP_057776065.1
960 aa
N
1
480
960
GIGANTEA_N
GIGANTEA_N
GIGANTEA_M
GIGANTEA_M
GIGANTEA_C
C
PF30924 GIGANTEA_N 4-143 aa PF30924 GIGANTEA_N 147-361 aa PF30921 GIGANTEA_M 405-599 aa PF30921 GIGANTEA_M 604-698 aa PF28518 GIGANTEA_C 713-959 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776047.1 Pfam PF30924 GIGANTEA_N Repeat 4 148 6.9e-186 618.6 GIGANTEA N-terminal domain
XP_057776047.1 Pfam PF30924 GIGANTEA_N Repeat 152 366 6.9e-186 618.6 GIGANTEA N-terminal domain
XP_057776047.1 Pfam PF30921 GIGANTEA_M Repeat 410 604 3e-114 382.6 GIGANTEA middle domain
XP_057776047.1 Pfam PF30921 GIGANTEA_M Repeat 609 703 3e-114 382.6 GIGANTEA middle domain
XP_057776047.1 Pfam PF28518 GIGANTEA_C Repeat 718 964 1.7e-93 313.6 GIGANTEA protein C-terminal domain
XP_057776057.1 Pfam PF30924 GIGANTEA_N Repeat 4 148 6.9e-186 618.6 GIGANTEA N-terminal domain
XP_057776057.1 Pfam PF30924 GIGANTEA_N Repeat 152 366 6.9e-186 618.6 GIGANTEA N-terminal domain
XP_057776057.1 Pfam PF30921 GIGANTEA_M Repeat 410 604 3e-114 382.6 GIGANTEA middle domain
XP_057776057.1 Pfam PF30921 GIGANTEA_M Repeat 609 703 3e-114 382.6 GIGANTEA middle domain
XP_057776057.1 Pfam PF28518 GIGANTEA_C Repeat 718 964 1.7e-93 313.6 GIGANTEA protein C-terminal domain
XP_057776065.1 Pfam PF30924 GIGANTEA_N Repeat 4 143 2e-180 600.6 GIGANTEA N-terminal domain
XP_057776065.1 Pfam PF30924 GIGANTEA_N Repeat 147 361 2e-180 600.6 GIGANTEA N-terminal domain
XP_057776065.1 Pfam PF30921 GIGANTEA_M Repeat 405 599 2.9e-114 382.7 GIGANTEA middle domain
XP_057776065.1 Pfam PF30921 GIGANTEA_M Repeat 604 698 2.9e-114 382.7 GIGANTEA middle domain
XP_057776065.1 Pfam PF28518 GIGANTEA_C Repeat 713 959 1.7e-93 313.6 GIGANTEA protein C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920064.1
TTTAACACCTCATTTGCTTTCCCTCTCTCTCTTCCTTCCAAATACTTGTAAATTTGTCTGCCTCCAGCTGATTTTCTGGAAAAAATTATTCTTTTACTATACTTCCTGTTGGCAAAAACTTGAAATGAGGCGCAGAAAACCATGATGACTGTGTGGGGAAGTTTGCTTCCTATAGAATCGTGTTCCTTAGATATTTGATAATCAGTTTTGATTCTTGAGAGGTGAAATGGGGATTGATGCATTTTGTTATTGCTCTTGAT...
XM_057920082.1
TTTAACACCTCATTTGCTTTCCCTCTCTCTCTTCCTTCCAAATACTTGTAAATTTGTCTGCCTCCAGCTGATTTTCTGGAAAAAATTATTCTTTTACTATACTTCCTGTTGGCAAAAACTTGAAATGAGGCGCAGAAAACCATGATGACTGTGTGGGGAAGTTTGCTTCCTATAGAATCGTGTTCCTTAGATATTTGATAATCAGTTTTGATTCTTGAGAGGTGAAATGGGGATTGATGCATTTTGTTATTGCTCTTGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130994921
ATGGCAACTTCAAATGAGAGGTGGATCCACAGTCTGCAGTTTTCTTCGTTGTTCTCGCCGCCTCCACAAGATGCAGAGAAACGCCATGCTCAAGTTACTGGTTATGTAGAGTTGTTCAGCCAGTTCATCTCAGAACAATTTCCCCATGATTTAGAGGAGCTGATCCGAGGCCGGTATCCATCTAATGAGAATACACTATTTGATGATGTTTTGGCAACCTTTGTTCTTCACCACCCAGAGCACGGCCGTGCTGTTATCTT...
LOC130994921
ATGGCAACTTCAAATGAGAGGTGGATCCACAGTCTGCAGTTTTCTTCGTTGTTCTCGCCGCCTCCACAAGATGCAGAGAAACGCCATGCTCAAGTTACTGGTTATGTAGAGTTGTTCAGCCAGTTCATCTCAGAACAATTTCCCCATGATTTAGAGGAGCTGATCCGAGGCCGGTATCCATCTAATGAGAATACACTATTTGATGATGTTTTGGCAACCTTTGTTCTTCACCACCCAGAGCACGGCCGTGCTGTTATCTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057776047.1
MATSNERWIHSLQFSSLFSPPPQDAEKRHAQVTGYVELFSQFISEQFPHDLEELIRGRYPSNENTLFDDVLATFVLHHPEHGRAVIFPIVSCIIDGQLEYDRRNPPFSSFISLVCPESKVYSEQLVIACGEILRILTHYNRPIYRRSSVSSSCLRPLSPWITDTLLQAPLAIRSDFFRWCGGVGGTYAATELIKPPSTGKHPVLVTSMPMWAVVNGAAVVLSVCDEEVARYASATLTEAAVQAVLLPPPKEEHPVAGLPP...
XP_057776057.1
MATSNERWIHSLQFSSLFSPPPQDAEKRHAQVTGYVELFSQFISEQFPHDLEELIRGRYPSNENTLFDDVLATFVLHHPEHGRAVIFPIVSCIIDGQLEYDRRNPPFSSFISLVCPESKVYSEQLVIACGEILRILTHYNRPIYRRSSVSSSCLRPLSPWITDTLLQAPLAIRSDFFRWCGGVGGTYAATELIKPPSTGKHPVLVTSMPMWAVVNGAAVVLSVCDEEVARYASATLTEAAVQAVLLPPPKEEHPVAGLPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器