当前解析结果
SmilChr01G003664| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003664 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003664 |
| 描述 | UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 55061660 - 55065534 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994988 |
|---|---|
| GeneID | 130994988 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994988 |
| 原始查询 | SmilChr01G003664 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 6-like |
| 产物 | UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 6-like |
| Arabidopsis | AT4G09810 (AT4G09810)Nucleotide-sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826570] identity=79.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0215800- identity=76.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005459 (UDP-galactose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03151 (TPT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994988 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057776179.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057776179.1 |
| 3 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057776179.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776179.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776179.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:55062050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C22,C38,C75 |
Chr1:55062051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C22,C38,C75 |
Chr1:55062413 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B55,B79 |
Chr1:55063050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B18,B31,B34,C37 |
Chr1:55063325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B106,B22,B41,C72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776179.1PF03151
TPT 23-297 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776179.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 23 | 297 | 7.7e-17 | 62.3 | Triose-phosphate Transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。