Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003697`

染色体: Chr01 坐标: 55351673-55352897 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003697`
名称	SmilChr01G003697
描述	AT-hook motif nuclear-localized protein 25
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	55351673 - 55352897 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995296`
GeneID	`130995296`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995296`
原始查询	`SmilChr01G003697`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT-hook motif nuclear-localized protein 25
产物	AT-hook motif nuclear-localized protein 25
Arabidopsis	`AT1G76500` (SOB3) Putative AT-hook DNA-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843983] identity=65.1; qcov=0.744; evalue=6.94e-69; confidence=high
Rice	`Os02g0713700` - identity=77.1; qcov=0.558; evalue=4.71e-64; confidence=medium
GO	GO:0003680 (minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0010228 (vegetative to reproductive phase transition of meristem)
KEGG	-
Pfam	PF03479 (PCC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995296

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776521.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776521.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776521.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776521.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057776521.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:55351997`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,B6
`Chr1:55352171`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,B137
`Chr1:55352323`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,B68
`Chr1:55352345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B82
`Chr1:55352349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C7
`Chr1:55352349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr1:55352621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B77,B79,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776521.1

258 aa

129

258

PCC

PF03479 PCC 67-182 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776521.1`	Pfam	`PF03479`	PCC	Domain	67	182	1.8e-32	112.6	Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920538.1
GCAAAGTTGAACCTCACCTCATCGCCTCAGTATTGGAAATTTGGAAACACTTACTCGTCAAGCTTTTCTCCTGCCTGCCTTCATTTTCTCCCCAATAGTAAGTGTATATTTTCTGCTACGCCACTCGATTTATATCAAAGTTTAAACCCCAAGATTCATATATTTGTAGCAGTCTCTCTTTCTCTCTCTCTGTCAATAACTTGTTTTGAATCTTGTTATTGTCAGATTTGAGTAGAACAAATAAAAGCCCTTGGCTTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995296
ATGGCTGGTTACGAGCCCCCAAGTTCGTTTCATACCCCTTCTCTCCACAACCCTGATTCAGACCTAGATTCCAAGGCCTCCCCTCTCAAGAAAGAGACAAACACAAGCAGAAGCTCCCCCACCACGGGGGGCCGGCGCCCCCGGGGGCGGCCCCCGGGATCCAAGAACAAATCCAAGCCCCCAATAATCGTGACGCGCGACAGCCCCAACGCGCTCAGGACCCACATCCTCGAGGTCGCCTCGGGAAACGACGTCGTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776521.1
MAGYEPPSSFHTPSLHNPDSDLDSKASPLKKETNTSRSSPTTGGRRPRGRPPGSKNKSKPPIIVTRDSPNALRTHILEVASGNDVVDSVSVYARRRGRGVCVLSGSGAVANVTLRQPTTGIVTLQGRFEILSLSGTVLPPPAPEGSGGLSIFLSGGQGHVVGGSVAGPLVAAGPVVLMAASFANAVFERLPLEEEEGGAASQSSEVTGGGGRVNEGGGLFNSASGNAGAAGNYPFAAHLFGLGGGGGGGANVRPQPPF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器