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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003703`

染色体: Chr01 坐标: 55408889-55410313 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003703`
名称	SmilChr01G003703
描述	splicing factor U2af small subunit B-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	55408889 - 55410313 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995334`
GeneID	`130995334`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995334`
原始查询	`SmilChr01G003703`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	splicing factor U2af small subunit B-like
产物	splicing factor U2af small subunit B-like
Arabidopsis	`AT5G42820` (U2AF35B) Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834293] identity=76.7; qcov=1; evalue=1.79e-141; confidence=high
Rice	`Os09g0491756` (OsC3H60) - identity=68.7; qcov=1.02; evalue=1.6e-131; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005681 (spliceosomal complex); GO:0030628 (pre-mRNA 3'-splice site binding); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0089701 (U2AF complex)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF00642 (zf-CCCH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995334

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776567.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057776567.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.80000	`XP_057776567.1`
4	Chromatin	染色质	0.40000	`XP_057776567.1`
5	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057776567.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:55409413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C35
`Chr1:55409482`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	98	A16,A18,A19,A22,A4,A5,A7,A9,B1,B101,B111,B112,B115,B117,B118,B12,B121,B125,B128,B13,B132,B137,B19,B20,B22,B23,B25,B28,B29,B30,B33,B4,B40,B44,B46,B47,B48,B50,B51,B53,B55,B56,B57,B60,B61,B64,B67,B69,B72,B75,B76,B77,B79,B80,B86,B88,B9,B91,B93,B94,B95,B98,B99,C1,C10,C14,C15,C16,C18,C19,C26,C28,C3,C30,C31,C34,C36,C37,C42,C45,C46,C50,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C62,C65,C7,C70,C73,C75,C80,C81,C84,D2
`Chr1:55409484`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	97	A16,A18,A22,A4,A5,A7,A9,B1,B101,B111,B112,B115,B117,B118,B12,B121,B125,B128,B13,B132,B137,B19,B20,B22,B23,B25,B28,B29,B30,B33,B4,B40,B44,B46,B47,B48,B50,B51,B53,B55,B56,B57,B60,B61,B64,B67,B69,B72,B75,B76,B77,B79,B80,B86,B88,B9,B91,B93,B94,B95,B98,B99,C1,C10,C14,C15,C16,C18,C19,C26,C28,C3,C30,C31,C34,C36,C37,C42,C45,C46,C50,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C62,C65,C7,C70,C73,C75,C80,C81,C84,D2
`Chr1:55409523`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776567.1

287 aa

144

287

zf-CCCH

RRM_1

zf-CCCH

PF00642 zf-CCCH 14-38 aa PF00076 RRM_1 83-139 aa PF00642 zf-CCCH 150-173 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776567.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	14	38	3.9e-13	49.7	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057776567.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	83	139	3e-08	34.1	RNA recognition motif
`XP_057776567.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	150	173	3.9e-13	49.7	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920584.1
GGTATAAGCCTTTGGTGTCCTTGTACAGTTGTACCGAGCGCTACTCGAGTATACTTTTTCTTACAAAATGCAATTTAATTCTATATTCCCGCAAATAGATTTCTAGGTTTTCTTCATTCTTTTCTCAAACCCTAACAAAATCAATCATTCTCCGCTCGGGTTCAATTTACCGCCATTAATCCTCTCCCCAATTGGATTATCGAGGTCTTCGATCCACAAAATAATGGCGGAGCACTTGGCCTCCATTTTCGGCACCGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995334
ATGGCGGAGCACTTGGCCTCCATTTTCGGCACCGAGAAGGACCGCGTCAACTGCCCGTTCTACTTCAAAATCGGCGCCTGCCGCCACGGCGACCGGTGCTCCCGCCTCCACAACCGCCCGACCATATCGCCGACGCTGCTGCTGTCCAACATGTACCAGCGCCCCGACATGATCACCCCCGGCGTCGACGCCCAGGGCCAGCCGATCGACCCCGACAAGATCCAGGAGCATTTCGAGGATTTCTACGAGGACATATACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776567.1
MAEHLASIFGTEKDRVNCPFYFKIGACRHGDRCSRLHNRPTISPTLLLSNMYQRPDMITPGVDAQGQPIDPDKIQEHFEDFYEDIYEELSKFGEIESLNVCDNLADHMIGNVYVQFKEEDQAAAALNALQGRFYSGRPIIADFSPVTDFREATCRQYEENSCNRGGYCNFMHVKMIGRELRRKLYGTRHGRFWGTRSRSRSAKPRAHKRERERSNERGRERDYDRRDHHRGSGRRSGGGDRHGGRYGSERRRHGGSPRRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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