Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003705`

染色体: Chr01 坐标: 55416193-55417162 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003705`
名称	SmilChr01G003705
描述	calvin cycle protein CP12-3, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	55416193 - 55417162 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995378`
GeneID	`130995378`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995378`
原始查询	`SmilChr01G003705`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	calvin cycle protein CP12-3, chloroplastic
产物	calvin cycle protein CP12-3%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G76560` (CP12-3) CP12 domain-containing protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843989] identity=73.2; qcov=0.672; evalue=1.02e-40; confidence=medium
Rice	`Os01g0303000` (P0035H10.18) - identity=39.4; qcov=0.811; evalue=2.61e-19; confidence=low
GO	GO:0009507 (chloroplast); GO:0080153 (negative regulation of reductive pentose-phosphate cycle)
KEGG	-
Pfam	PF02672 (CP12)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995378

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057776633.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057776633.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057776633.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776633.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776633.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:55416789`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr1:55416849`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A10
`Chr1:55416849`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776633.1

122 aa

122

CP12

PF02672 CP12 51-121 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776633.1`	Pfam	`PF02672`	CP12	Family	51	121	8.7e-24	84.8	CP12 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920650.1
AAATATATTTTCAACATAATAATGTTATTTCTCGAGCTAATAAGCGATTCAATTACAAGTACAATATATTTAAAAATCAAATTTTAGGTTCGTGATATACCAAAAAATGACAAACCGACCAGCCCTCCAATCAAGTTAGACCAATAGATAAGCACAACCATTTCCATCAAATTATTTCAAACTACATTCATTCCATAAAAAATCCCAGGAATACCCTTCAAAGCCATAGCAGCCCATATAATGACCAAAGGGTACCCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995378
ATGTCCGCCTCTCTAGCCCTAAATTTCAGGCCGCCGCTACCTTTCGCACCTCCTTCTTCTGCTTCACCTCCGCGATCCGGCCGGCCAACGATGGCCGGGGTTAGGTCGGAGATGAAACTGTACAAAGGAACGCACATGAGAGAGCAGCGGCTGACGGAGATGATCGAGAAGAAGGTGGCGGAGGCGACGCAAGTCTGCGGCGAGGACGAGACTTCCGACGAGTGCAAGGTGGCATGGGACGAGGTGGAGGAGGTGAGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776633.1
MSASLALNFRPPLPFAPPSSASPPRSGRPTMAGVRSEMKLYKGTHMREQRLTEMIEKKVAEATQVCGEDETSDECKVAWDEVEEVSQAKADLRLKIHQLQQDPLEYFCQENPETDECRVYED

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器