Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003709`

染色体: Chr01 坐标: 55449411-55453972 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003709`
名称	SmilChr01G003709
描述	uncharacterized SmilChr01G003709
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	55449411 - 55453972 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995387`
GeneID	`130995387`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995387`
原始查询	`SmilChr01G003709`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Serine/Threonine-kinase, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843995]; symbol=AT1G76620; hit=AT1G76620; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Serine/Threonine-kinase, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843995]; symbol=AT1G76620; hit=AT1G76620; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G76620` (AT1G76620) Serine/Threonine-kinase, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843995] identity=43.5; qcov=0.99; evalue=1.64e-111; confidence=medium
Rice	`Os08g0515700` (P0686C03.125) - identity=40; qcov=0.953; evalue=1.53e-95; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04784 (DUF547)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995387

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057776643.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057776643.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776643.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776643.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776643.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:55449879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B42,B43,C70,C85,C87
`Chr1:55451226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C78
`Chr1:55451278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:55451695`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	45	A22,A23,B107,B109,B110,B118,B119,B120,B127,B139,B18,B29,B3,B36,B40,B41,B42,B45,B46,B49,B59,B6,B62,B79,B8,B82,C12,C17,C28,C30,C33,C37,C39,C44,C60,C7,C72,C79,C81,C85,C86,C87,D1,D4,D6
`Chr1:55451904`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C26,D4
`Chr1:55451905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,D10,D2
`Chr1:55452707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,B6
`Chr1:55452862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B85,C25,C35
`Chr1:55453284`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B37,B77,C62,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776643.1

506 aa

253

506

DUF547

PF04784 DUF547 290-423 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776643.1`	Pfam	`PF04784`	DUF547	Family	290	423	2.5e-37	128.4	Protein of unknown function, DUF547

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920660.1
CTAGCTCAAGATCATCATTATTCATCATAACAATCCACCATCAACCATAATTACCAATTTTACCGTTGTTGCCTTTCCCATTTCCTTCAATGGCGTCGACCTACTCGTAATTTAATCTAATTCACTCCTCTCATTGTCTCATTACCCACTGAATCTGTGGCCATTTATTATGTCTGCCCACCCACTCCAATCTCGCGTGTTGTGGGTCATCTCCATTTAATCGTTTTTGTCCTCCTCCACCTTTGTTTGTTGCACTTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995387
ATGGACTGCTTCTCCTCTCCCCCTCCTCATTCTCCGCCGCCGCTGCTCCTCGCCGCCGCGTCGCCGCTCTGCGGTCCGACGCCTAGGGATCATATACTCAACATGTCGCCGACACCTTCTCACCATCCCAATCCTTCTTCATCAGATTTGGTGAAAGAAATCACTACACTGGAGGTTGAAATAGTACGTTTGGAACGGCATCTTCTTTCTCTCTATCGTACATCTTTCCAGCAAACTATCCCTAGTAATCCGGGAAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776643.1
MDCFSSPPPHSPPPLLLAAASPLCGPTPRDHILNMSPTPSHHPNPSSSDLVKEITTLEVEIVRLERHLLSLYRTSFQQTIPSNPGNHGTHVQQMTGIQPWVTSDQSSQRTKSEMSKDYYEHQGCLSPTSALTGPNDMIPFSTPKSSSARVRKSSYFRRRSLADHLGNFFIDDACIFPDKLSEDILRCISSIYCKLGRLRTKPXGYSVSSNSSLCSSSTFSPRNLSGSWSPQCNDEVSENYDIEDLKQDNGPYAAMVEVLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器