当前解析结果
SmilChr01G003713| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003713 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003713 |
| 描述 | UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 55473436 - 55477475 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995438 |
|---|---|
| GeneID | 130995438 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995438 |
| 原始查询 | SmilChr01G003713 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 3-like |
| 产物 | UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 3-like |
| Arabidopsis | AT5G42420 (AT5G42420)Nucleotide-sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834248] identity=76.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0581000- identity=73.1; qcov=1; evalue=1.76e-177; confidence=high |
| GO | GO:0005459 (UDP-galactose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03151 (TPT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995438 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057776703.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057776703.1 |
| 3 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057776703.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776703.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776703.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:55473806 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:55473893 |
C |
CTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B27 |
Chr1:55473893 |
C |
CTT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr1:55474308 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr1:55475058 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:55475090 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B18,B31,B34,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776703.1PF03151
TPT 24-298 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776703.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 24 | 298 | 1e-19 | 71.8 | Triose-phosphate Transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。