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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003713

染色体: Chr01 坐标: 55473436-55477475 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003713
名称SmilChr01G003713
描述UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55473436 - 55477475 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995438
GeneID130995438
locus_tag-
NCBI NameLOC130995438
原始查询SmilChr01G003713

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 3-like
产物UDP-rhamnose/UDP-galactose transporter 3-like
ArabidopsisAT5G42420 (AT5G42420)
Nucleotide-sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834248]
identity=76.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0581000
-
identity=73.1; qcov=1; evalue=1.76e-177; confidence=high
GOGO:0005459 (UDP-galactose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity)
KEGG-
PfamPF03151 (TPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995438

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057776703.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057776703.1
3 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057776703.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776703.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776703.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55473806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:55473893 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B27
Chr1:55473893 C CTT 2bp_insertion CDS_variant 1 B27
Chr1:55474308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:55475058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:55475090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B31,B34,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776703.1
345 aa
N
1
172
345
TPT
C
PF03151 TPT 24-298 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776703.1 Pfam PF03151 TPT Family 24 298 1e-19 71.8 Triose-phosphate Transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920720.1
ATTTAAGTTAAGATTAGCATATTGTATCCAAACACTATTGTTTTAATTAAATAAACACATTTAATTAGTCAATAATGAAAGCTATCGAACGAGTTTTCAAATAAAGGGATGACGATTTGATTAGACCATAGCAATCAATGTGAATAATGATTCTTTCAAAAAGAAAAGAAAAATCTGAATAAATTATTAATATAATATTATAATATAATGTAAAAGTAAGAAATGAGCCGTTATTAACTTATTTGGAACTTGGAAGCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995438
ATGGAGGGAGAGAAGAAATCATCATCAGCAGTGTCGGATGTGGGTGCGTGGGCTATGAACGTTATCAGCTCCGTTGGAATCATTATGGCGAACAAGCAGCTCATGTCATCCAATGGATATGCTTTTAAATTCGCCACAACATTGACTGGTTTCCACTTTGCCGTTACTGCAATTGTTGGCATGATATCAAATGCTACGGGATTGTCTACATCAAAGCACGTGCCCTTTTGGGAACTTCTTTGGTTCTCAATTGTAGCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776703.1
MEGEKKSSSAVSDVGAWAMNVISSVGIIMANKQLMSSNGYAFKFATTLTGFHFAVTAIVGMISNATGLSTSKHVPFWELLWFSIVANMSITGMNLSLMLNSVGFYQISKLSMIPVVCIMEWILHSKQYSKEVKLSVVIVVIGVGVCTVTDVKVNAKGFLCACVAVVSTSLQQISIGSLQKKYSIGSFELLSKTTPIQAGSLLVLGPVIDYYLSGNLIFDYNFGAGVIMFILLSCSLAVFCNVSQYLCIGRFSAVSFQVLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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